Gegründet wurde der Militärsportverein im Jahr 1940. Die erfolgreichste Saison erlebte die Mannschaft 1943/44, nachdem Otto Faist, der den FC Schalke 04 zur deutschen Meisterschaft geführt hatte, ihr Trainer geworden war:[1] Sie gewann 1943 den Bernsteinpokal und konnte diesen Erfolg ein Jahr später wiederholen. Finalgegner war beide Male WH Zel Praga Warschau.[2][3]
1944 sicherte sich der LSV Mölders erstmals den Meistertitel des Distrikts Krakau und qualifizierte sich somit für die Endrunde der Gaumeisterschaft.[4] Zu dem Erfolg hatte der Dribbelkünstler Ernst Willimowski (TSV 1860 München), der im Spätherbst 1943 als Soldat der Luftwaffe zu dem Verein abgeordnet worden war, mit seinen Toren beigetragen.[5] In der im Ligaformat (Jeder gegen jeden) ausgetragenen Endrunde der Gaumeisterschaft 1943/44 setzte sich der LSV Mölders gegen die Sieger der anderen vier Distrikte (Warschau, Radom, Lublin, Galizien) durch.[6]
Der Gewinn der Gaumeisterschaft berechtigte den Verein zur Teilnahme an der Endrunde um die deutsche Meisterschaft. Dort schied er allerdings schon in der ersten Runde aus: Vor heimischer Kulisse unterlag er dem VfB Königsberg mit 1:4, in dessen Reihen die Nationalspieler Hans Berndt (Tennis Borussia Berlin) und Herbert Burdenski (FC Schalke 04) standen.[7]
Eines seiner letzten Spiele bestritt der LSV Mölders am 19. November 1944 gegen die Soldatenmannschaft Rote Jäger, die im Rahmen der Truppenbetreuung nach Krakau gekommen war: Vor 3000 Zuschauern verloren die Platzherren 0:14. In der Partie erzielte Hermann Eppenhoff, zuvor Stürmer der Meistermannschaft des FC Schalke 04, fünf Tore. In der Siegerelf stand auch Fritz Walter.[8][9] Wenig später wurde der Verein angesichts des Vormarschs der Roten Armee im Süden Polens aufgelöst.