Die Meistriliiga 2004 war die 14. Spielzeit der höchsten estnischenFußball-Spielklasse der Herren. Gespielt wurde von 13. März bis 31. Oktober 2004.[1]
FC Levadia Tallinn, der in den Jahren zuvor als FC Levadia Maardu aufgetreten war, gewann die Meisterschaft. Als amtierender estnischer Meister scheiterte Levadia in der folgenden Champions-League-Saison 2005/06 in der Qualifikation an Dinamo Tiflis.
Der alte Levadia Tallinn wurde zur zweiten Mannschaft und musste die Meistriliiga verlassen. JK Merkuur Tartu übernahm dessen Lizenz. In der Saison gab es keinen direkten Absteiger in die Esiliiga. FC Lootus Alutaguse ging am Ende der Spielzeit in die Relegation und musste sich Dünamo Tallinn in zwei Spielen geschlagen geben.