Parvarchaeota
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Cryo-TEM-Aufnahme von Parvarchaeum acidiphilum | ||||||||||||
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| Rinke et al. 2013 | ||||||||||||
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Parvarchaeota (oder Candidatus Parvarchaeota, früher ARMAN-4[3]) ist ein Phylum (Stamm) von Archaeen, der zur Gruppe der DPANN-Archaea gehört.[4][5][6] Vertreter dieses Phylums wurden in sauren Minenabwässern und später auch in Meeressedimenten entdeckt. Die Zellen dieser Organismen sind extrem klein und haben auch entsprechend kleine Genome. Metagenomische Techniken ermöglichen die Gewinnung von DNA-Genomsequenzen aus nicht kultivierten Organismen, die zur Bestimmung dieses Phylums verwendet wurden.[7]
Die (inoffizielle) Typusart ist Candidatus Parvarchaeum acidiphilum. Die Zellen dieser Spezies sind nur etwa 400–500 nm groß und haben ein reduziertes Genom, das aus etwa 1000 Genen bestehen. Ähnlich große Archaeen, die ebenfalls in derart sauren Umgebung gefunden wurden, gehören zur Gattung Candidatus Micrarcheum[8] aus dem Phylum Micrarchaeota (ebenfalls ein DPANN-Mitglied).[7][9]
Die Frage, ob DPANN eine phylogenetische Verwandtschaftsgruppe (Klade), oder nur informell eine Reihe im Stammbaum der Archaeen basal stehender Gruppen darstellt, ist derzeit (Stand Ende 2021) noch umstritten. Den phylogenetischen Stammbäumen zufolge könnten die Parvarchaeota entweder zu einer Klade DPANN (als einem Taxon) gehören,[7] oder für sich selbst eine Schwestergruppe von Thermoplasmata innerhalb des Superphylums der Euryarchaeota sein;[10] es wurde aber auch vorgeschlagen, dass alle DPANN-Archaea phylogenetisch zu den Euryarchaeota gehören.[10][11]
Etymologie
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Die Bezeichnung ‚Parvarchaeota‘ leitet sich ab von lateinisch parvum ‚klein‘, der Mittelteil verweist auf eine Archaeengruppe, das Suffix ‚-ota‘ ist für Phyla (Stämme) reserviert. ‚Parvarchaeota‘ meint also ein Phylum kleiner Archaeen.
Systematik
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Die gegenwärtig akzeptierte Taxonomie basiert im Wesentlichen auf folgenden Quellen:
- L – List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (LPSN)[4]
- N – National Center for Biotechnology Information (NCBI, Taxonomy Browser),[5]
Diese Taxonomie wurde ergänzt nach Anna-Louise Reysenbach et al. (2020).[1]
Phylum „Parvarchaeota“ Rinke et al. 2013 (L,N)
- Klasse „Parvarchaeia“[1]
- Ordnung „Parvarchaeales“[1]
- Familie „Acidifodinimicrobiaceae“ Luo et al. 2020 (N)
- Gattung „Candidatus Acidifodinimicrobium“ Luo et al. 2020 (N)
- Spezies „Ca. A. mancum“ Luo et al. 2020 (N)
- Gattung „Candidatus Acidifodinimicrobium“ Luo et al. 2020 (N)
- Familie „Parvarchaeaceae“[1]
- Gattung „Candidatus Parvarchaeum“ Baker et al. 2010 (L,N) – Typus (inoffiziell)
- Spezies „Ca. P. acidiphilum“ Baker et al. 2010 (L)
- Spezies „Ca. P. paracidiphilum“ corrig. Baker et al. 2010 (L) mit Schreibvariante „Ca. P. acidophilus“ Baker et al. 2010 (L,N)
- Gattung „Candidatus Parvarchaeum“ Baker et al. 2010 (L,N) – Typus (inoffiziell)
- Familie „Acidifodinimicrobiaceae“ Luo et al. 2020 (N)
- Ordnung „Parvarchaeales“[1]
- nicht weiter klassifizierte Parvarchaeota[12] (N)
Literatur
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Christian Rinke, Maria Chuvochina, Aaron J. Mussig, Pierre-Alain Chaumeil, David W. Waite, William B. Whitman, Donovan H. Parks, Philip Hugenholtz: A rank-normalized archaeal taxonomy based on genome phylogeny resolves widespread incomplete and uneven classifications. auf: CSH BiorXiv (2020) – Preprint.
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ a b c d e f Anna-Louise Reysenbach, Emily St. John, Jennifer Meneghin, Gilberto E. Flores, Mircea Podar, Nina Dombrowski, Anja Spang, Stephane L’Haridon, Susan E. Humphris, Cornel E. J. de Ronde, Fabio Caratori Tontini, Maurice Tivey, Valerie K. Stucker, Lucy C. Stewart, Alexander Diehl, Wolfgang Bach: Complex subsurface hydrothermal fluid mixing at a submarine arc volcano supports distinct and highly diverse microbial communities. In: PNAS, Band 117, Nr. 52, 22. Dezember 2020, S. 32627-32638; doi:10.1073/pnas.2019021117, Epub 4. Dezember 2020. Supplement.
- ↑ Nina Dombrowski, Tom A. Williams, Jiarui Sun, Benjamin J. Woodcroft, Jun-Hoe Lee, Bui Quang Minh, Christian Rinke, Anja Spang: Undinarchaeota illuminate DPANN phylogeny and the impact of gene transfer on archaeal evolution. In: Nature Communications, Band 11, Nr. 3939, 7. August 2020; doi:10.1038/s41467-020-17408-w.
- ↑ Olga V. Golyshina, Stepan V. Toshchakov, Kira S. Makarova, Sergey N. Gavrilov, Aleksei A. Korzhenkov, Violetta La Cono, Erika Arcadi, Taras Y. Nechitaylo, Manuel Ferrer, Ilya V. Kublanov, Yuri I. Wolf, Michail M. Yakimov, Peter N. Golyshin: ‘ARMAN’ archaea depend on association with euryarchaeal host in culture and in situ. In: Nature Communications, Band 8, Nr. 60, 5. Juli 2017; doi:10.1038/s41467-017-00104-7, PMID 28680072, PMC 5498576 (freier Volltext).
- ↑ a b J. P. Euzéby et al.: Parvarchaeota. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)
- ↑ a b Eric W. Sayers, C. L. Schoch et al.: Candidatus Parvarchaeota. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database Graphisch: Parvarchaeota, Lifemap, NCBI Version.
- ↑ OneZoom: Parvarchaeota
- ↑ a b c Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, Tanja Woyke: Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. In: Nature. 499, 431–437 (2013). Jahrgang, Nr. 7459, 25. Juli 2013, S. 431–437, doi:10.1038/nature12352, PMID 23851394, bibcode:2013Natur.499..431R (nature.com).
- ↑ Eric W. Sayers, C. L. Schoch et al.: "Candidatus Micrarchaeum" Baker et al. 2010. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database Graphisch: Candidatus Micrarchaeum, Lifemap, NCBI Version.
- ↑ Brett J. Baker, Gregory J. Dick.: Omic Approaches in Microbial Ecology: Charting the Unknown. Analysis of wholecommunity sequence data is unveiling the diversity and function of specific microbial groups within uncultured phyla and across entire microbial ecosystems. In: Microbe, Band 8, Nr. 9, 2013, S. 353 ff, Academia.edu. Memento im Webarchiv vom 13. September 2019.
- ↑ a b Céline Petitjean, Philippe Deschamps, Purificación López-García, David Moreira: Rooting the domain Archaea by phylogenomic analysis supports the foundation of the new kingdom Proteoarchaeota. In: Genome Biol. Evol. 7. Jahrgang, Nr. 1, 2014, S. 191–204, doi:10.1093/gbe/evu274, PMID 25527841, PMC 4316627 (freier Volltext) – (oup.com).
- ↑ Thomas Cavalier-Smith, Ema E-Yung Chao: Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (Eukaryotes, archaebacteria). In: Protoplasma. 257. Jahrgang, Nr. 3, 2020, S. 621–753, doi:10.1007/s00709-019-01442-7, PMID 31900730, PMC 7203096 (freier Volltext) – (springer.com).
- ↑ Eric W. Sayers, C. L. Schoch et al.: unclassified Candidatus Parvarchaeota. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database