In der Saison 1991/92 verpflichtete der Verein erstmals deutsche Spieler, diese sollten helfen, den Erfolg zurückzubringen. Der Transfer wurde vom ehemaligen Spieler Withaya Laohakul, der selbst in der deutschen Bundesliga bei Hertha BSC und dem 1. FC Saarbrücken spielte, eingeleitet. Die deutschen Spieler waren Markus Steinhauer, der beim FC Sète, einem Zweitligaverein in Frankreich, und in Malaysia beim 1.-Division-Club Melaka United spielte, bevor er nach Thailand wechselte, sowie Lorenz Menge von 1. FC Union Berlin. Raj-Pracha FC nahm in der Saison 1995/96 am Asian Cup Winner’s Cup teil. Von 1996 bis 1999 spielte der Verein in der Thailand Premier League. 1998 belegte man einen 12. Platz und stieg ab. Von 1999 bis 2007 nahm der Verein nicht am Spielbetrieb der Thailändischen Liga teil. 2008 startete man wieder in der dritten Liga, der Regional League Division 2 in der Group A. 2009 spielte man in der Region Bangkok. Mit der Meisterschaft stieg man in die zweite Liga, der Thai Premier League Division 1 auf. Nach drei Jahren zweiter Liga musste man schließlich 2012, als man einen 17. Platz belegte, wieder den Weg in die dritte Liga antreten. 2013 bis 2015 spielte man in der Regional League Division 2 - Central/West. 2016 wechselte man in die Regional League Division 2 - Bangkok/East. Mit Einführung des neuen Ligasystems 2017 spielt der Verein in der Thai League 3 – Lower Region. Nach dem zweiten Spieltag der Saison 2020 wurde die Liga aufgrund der COVID-19-Pandemie abgebrochen. Während der Unterbrechung wurde beschlossen, dass nach Wiederaufnahme des Spielbetriebs die dritte und die vierte Liga zusammengelegt werden. Nach Wiederaufnahme spielte der Verein in der Western-Region. Hier belegte man am Ende den zweiten Platz und man qualifizierte sich für die Aufstiegsrunde. Am Ende belegte man den dritten Platz und stieg somit in die zweite Liga auf. Nach nur einem Jahr in der zweiten Liga musste man am Ende der Saison wieder in die dritte Liga absteigen. Nachdem der Muangkan United FC keine Lizenz für die Saison 2022/23 bekam, verblieb Raj-Pracha in der zweiten Liga.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Nonthaburi Province Stadium (thailändischสนามกีฬาจังหวัดนนทบุรี "นนทบุรี สปอร์ต คอมเพล็กซ์") in Nonthaburi aus. Das Stadion hat ein Fassungsvermögen von 10.000 Personen.