Erste internationale Erfahrungen sammelte Yupun Abeykoon im Jahr 2015, als er bei den Militärweltspielen in Mungyeong mit der sri-lankischen 4-mal-100-Meter-Staffel in 39,43 s die Bronzemedaille hinter den Teams aus Polen und der Dominikanischen Republik gewann. 2019 startete er mit der Staffel bei den Südasienspielen in Kathmandu und siegte dort in 39,14 s und stellte damit einen neuen Spielerekord auf. 2020 siegte er beim „Anhalt 2020“ mit neuem Landesrekord von 10,16 s im 100-Meter-Lauf und im Jahr darauf siegte er beim „Anhalt 2021“ in 10,09 s. Anschließend nahm er an den Olympischen Sommerspielen in Tokio teil und schied dort mit 10,32 s im Vorlauf aus. 2022 siegte er in 10,06 s beim „Anhalt 2022“ und im Juli kam er bei den Weltmeisterschaften in Eugene mit 10,19 s nicht über die erste Runde hinaus. Anschließend gewann er bei den Commonwealth Games in Birmingham in 10,14 s die Bronzemedaille über 100 Meter hinter dem Kenianer Ferdinand Omanyala und Akani Simbine aus Südafrika.