Die Liga war vor Saisonbeginn in zwei Staffeln (Nord und Süd) von jeweils sechzehn Mannschaften aufgeteilt. Die Saison wurde in der jeweiligen Staffel im Modus „Jeder gegen Jeden“ mit Hin- und Rückspiel gespielt. Die Meister der beiden Staffeln stiegen in die Basketball-Bundesliga 2004/05 auf, während die beiden jeweils schlechtesten Mannschaften der Abschlusstabelle in die jeweiligen Regionalligen abstiegen.
Während der Spielzeit gab es insbesondere in der Gruppe Nord Streitigkeiten um den Status und die Spielberechtigung von Spielern ausländischer Herkunft, die nicht aus Staaten der Europäischen Union stammen beziehungsweise jenen, die mit dieser assoziiert sind.[1][2] Die AG 2. Basketball-Bundesliga bemühte sich, die Folgen aus den insbesondere durch die Düsseldorf Magics angestrengten Schiedsgerichtsurteile eindeutig und unmissverständlich zu regeln.[3][4][5]
2Nach den Lizenzentzügen für Brandt Hagen und den MBC Weißenfels in der ersten Basketball-Bundesliga gab es in der folgenden Saison keine Erstliga-Absteiger in die zweite Liga, so dass der TSV Breitengüßbach in der Liga verbleiben konnte.
↑Der faule Zauber hat ein Ende. schoenen-dunk.de, 7. Juli 2004, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 1. Januar 2016; abgerufen am 19. Mai 2012 (Wiedergabe einer Pressemitteilung der Eisbären Bremerhaven).Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.schoenen-dunk.de
↑SG Braunschweig spielt doch 2. Liga. schoenen-dunk.de, 6. August 2003, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 12. Januar 2016; abgerufen am 19. Mai 2012 (Meldung nach Schiedsgerichturteil).Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.schoenen-dunk.de