Die Spielzeit 2006/07 war die 58. reguläre Spielzeit der SchweizerNationalliga A im Handball der Männer. In dieser Saison gab es keinen Absteiger, da die Liga auf die Saison 2007/08 auf 12 Teams vergrössert wurde.
Die SG Zentralschweiz musste zwei Monate vor Saisonbeginn wegen Insolvenz des Vereins ihre Mannschaft zurückziehen[1]. Da es für diesen Fall keine Regelung gibt, entschied die SHL, der SG Chênois & Servette aus der 1. Liga den Platz zu überlassen, um den Handballsport auch in der Romandie attraktiver zu machen.[2]
Gespielt wurde von den 8 Teams eine Vierfachrunde zu je 28 Spielen.
Die besten vier Teams der Hauptrunde ermittelten den Schweizer Meister im Playoff-Stil. Die Halbfinals und der Final wurden nach dem Modus Best-of-Five gespielt. Die Verlierer spielten in einer Platzierungsrunde um die Ränge 3 und 4.
Die anderen vier Mannschaften aus der Hauptrunde ermittelten in einem Playout die Ränge 5 bis 8. Die Sieger der ersten Playoutrunde spielten um die Ränge 5 und 6. Für die Verlierer war die Saison zu Ende.