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Adelegg | Aitrach, Ach und Dürrenbach | Altdorfer Wald | Argen und Feuchtgebiete bei Neukirch und Langnau | Bodenmöser und Hengelesweiher | Feuchtgebiete bei Waldburg und Kißlegg | Feuchtgebiete um Altshausen | Feuchtgebiete um Bad Schussenried | Feuchtgebietskomplexe nördlich Isny | Obere Argen und Seitentäler | Pfrunger Ried und Seen bei Illmensee | Rot, Bellamonter Rottum und Dürnach | Rotachtal Bodensee | Schussenbecken mit Tobelwäldern südlich Blitzenreute | Umlachtal und Riß südlich Biberach | Untere Argen und Seitentäler | Wurzacher Ried und Rohrsee
Ehemalige FFH-Gebiete: Ach und Dürrenbach | Aitrach und Hergottsried | Argen und Feuchtgebiete südlich Langnau | Buchenwälder bei Fronhofen | Feuchtgebiete bei Waldburg | Moore und Weiher um Neukirch | Schussenbecken und Schmalegger Tobel | Tobelwälder bei Blitzenreute | Weiher und Moore um Kißlegg