32 Mannschaften der ersten Gruppenphase traten in acht Gruppen (A–H) mit je vier Mannschaften in einem Rundenturnier (englischRound Robin) mit Hin- und Rückspiel gegeneinander an. Die beiden besten Teams jeder Gruppe qualifizierten sich für die zweite Gruppenphase.
In der zweiten Gruppenphase wurde in vier Gruppen mit je vier Mannschaften ein weiteres Rundenturnier mit Hin- und Rückspiel ausgetragen. Von diesen 16 Teilnehmern qualifizierten sich die acht Gruppensieger und Gruppenzweiten der zweiten Gruppenphase für das Viertelfinale, ab dem im K.-o.-System weitergespielt wurde.
Gespielt wurde im K.-o.-System, es zählte die Addition der Ergebnisse von Hin- und Rückspiel. Folgerichtig wurde daher im Hinspiel ein unentschiedenes Spielergebnis, was nur als Zwischenergebnis dient, möglich und erst ein unentschiedenes Ergebnis nach Addition beider Spielergebnisse machte im Rückspiel eine Verlängerung zur Ermittlung eines Siegers erforderlich. Dieser Modus wurde bis zu den Finalspielen zur Ermittlung des Titelgewinners durchgehalten.
Die Qualifikation wurde in sechs Qualifikationsturnieren durchgeführt. An jedem Qualifikationsturnier nahmen drei bzw. vier Mannschaften teil, wobei eine Mannschaft als Gastgeber diente. Vier bzw. zwei Mannschaften spielten in die 1. Qualifikationsrunde, die am 27. September 2022 stattfand. Die zwei Sieger spielten gegen zwei weitere Mannschaften an der 2. Qualifikationsrunde einen Tag später am 28. September 2022. Die 3. Qualifikationsrunde fand am 30. September 2022.
Für die Hauptrunde des Europe Cup war die Teilnahme der Teams Cholet Basket und SIG Strasbourg geplant, die gleichzeitig auch an der Qualifikation für die Basketball Champions League 2023/24 teilnahmen. Da sich diese zwei Teams für die Champions League qualifizierten, wurden über das Qualifikationsturnier zwei zusätzliche Plätze für die Hauptrunde vergeben. Diese gingen an die zwei besten Teams, die sich im Rahmen des Turniers zunächst nicht für die Hauptrunde qualifizieren konnten.
Die Spiele der ersten Gruppenphase finden zwischen dem 12. Oktober und dem 30. November 2022 statt. Für die Gruppenplatzierungen sind bei Mannschaften mit gleicher Anzahl von Siegen nicht das gesamte Korbpunktverhältnis, sondern nur das addierte Ergebnis im direkten Vergleich der Mannschaften untereinander entscheidend. Der jeweils Gruppenerste und die sechs besten Gruppenzweiten nahmen dann an der zweiten Gruppenphase teil.
Die Spiele der zweiten Gruppenphase finden zwischen dem 14. Dezember 2022 und dem 8. Februar 2023 statt. Für die Gruppenplatzierungen sind bei Mannschaften mit gleicher Anzahl von Siegen nicht das gesamte Korbpunktverhältnis, sondern nur das addierte Ergebnis im direkten Vergleich der Mannschaften untereinander entscheidend.
Ab dem Viertelfinale wurde im K.-o.-System in Hin- und Rückspiel weitergespielt. Die Hinspiele finden zwischen dem 6. und 8. März, die Rückspiele am 14. und 15. März 2023 statt.