Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-3/Baustelle-3.25

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SARS-CoV-2 | Diskussion:SARS-CoV-2 | Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/2 | Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/2#SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade |

Überschrift und Hauptbeitrag / 2021-04-21T09:14:18 Dirk123456 Diskussion Beiträge  65.307 Bytes +36.002  Neuer Abschnitt →SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade / diff=211152330&oldid=211081916

Dokumentation der Umsetzung / 2021-04-21T12:29:00 Dirk123456 Diskussion Beiträge  66.780 Bytes +1.473  →SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade: Umsetzung (Anker Dirk123456.2021-0421.Umsetzung-Plan.i2t-f3a). / diff=211157859&oldid=211152330

Zur Archivierung entfernt / 2021-05-24T03:25:35 TaxonBot Diskussion Beiträge 22.130 Bytes −37.475  Bot: 1 Abschnitt nach Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/2#SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade archiviert – letzte Bearbeitung: 178.11.190.110 (24.05.2021 02:20:39) / diff=212297225&oldid=212294237

In das Archiv / 2021-05-24T03:25:38 TaxonBot Diskussion Beiträge  37.993 Bytes +37.475  Bot: 1 Abschnitt aus Diskussion:SARS-CoV-2 (ab Abschnitt SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade) archiviert / diff=212297226&oldid=211797687

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Anker Dirk123456.2021-0421.Umsetzung-Plan.i2t-f3a Umsetzung des Plans unter "SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade" im Artikel:

• Vorversion  →  oldid=211142969 (2021-04-20T21:08:33 UTC)
• Status: in Vorbereitung  →  oldid=211152668 (2021-04-21T09:27:37 UTC)
• Status: umgesetzt  →  oldid=211153593 (2021-04-21T09:56:44 UTC)

  Vergleich, "in Vorbereitung"↔"umgesetzt"  →  diff=211153593&oldid=211152668

Ergebnis  →  oldid=211153852 (2021-04-21T10:04:39 UTC)

Vergleich, Vorversion↔Ergebnis  →  diff=211153852&oldid=211142969

Signatur: Dirk123456 (Diskussion) 14:29, 21. Apr. 2021, CEST.

Offener Brief

Vorbereitung eines Beitrags, Vorversion Baustelle-3.25&oldid=212813180 – Vorbereitung eines Diskussionsbeitrages unter Diskussion:SARS-CoV-2#Dirk123456.2021-0609.quellen-nature-science; Artikel-Beitrag im Abschnitt „Herkunft Labor“.

Änderungen in Benennung

Vorbereitung eines Beitrags, Vorversion Baustelle-3.25&oldid=213014468 – Vorbereitung eines Diskussionsbeitrages unter Diskussion:SARS-CoV-2#Benennung, Quellen und SARS-CoV-1; Artikel-Beitrag im Abschnitt „Benennung“.

Vorbereitungen, arambaut2020 nach Andersen-etal2020_pmid-32284615

Vorbereitung für den Artikel SARS-CoV (Quellen-Anpassung, arambaut nach PubMed-ID)

Vorbereitung eines Beitrags, Vorversion Baustelle-3.25&oldid=213132656 – Vorbereitung eines Diskussionsbeitrages unter Diskussion:SARS-CoV#Quellen-Anpassung, arambaut nach PubMed-ID; Artikel-Beitrag im Abschnitt „Einordnung_und_Benennung“ (https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&type=revision&diff=213013036&oldid=213012939#Einordnung_und_Benennung).

Vorbereitung für den Artikel SARS-CoV-2

arambaut

Die Verwandtschaft zwischen SARS-CoV und SARS-CoV-2, dem zweiten Pandemie-verursachenden Virus in dieser Spezies, wird vor allem durch Genomanalysen kenntlich.[15]

[15]: / -->

https://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398

arambaut \/ ARTIC Network              9 // Feb '20

This paper has now been published here: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 6.3k

The published version includes updates and corrections and should be considered the final version (it is also Open Access).

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arambaut \/ [this user is a modarator] 9 // [post last edited on Apr 16, 2020 10:26 am]

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PMID: 32284615 PMCID: PMC7095063 DOI: 10.1038/s41591-020-0820-9

PMID 32284615 /

Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615

Hallo, bisher wird statt einer wissenschaftliche Publikation als Einzelnachweis ein Beitrag in einem Webportal angegeben, von welchem ausgehend auf die eigentliche Veröffentlichung verwiesen wird.  Zum Beitragsende↓  

• Beitrag in einem Webportal: https://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398;
• dort Verweis auf die eigentliche Veröffentlichung: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9.

ßß-001-ßßZiel:

Den gegenwärtigen Einzelnachweis möchte ich durch einen ersetzen, der direkter zur eigentlichen Veröffentlichung führt.

ßß-002-ßßBeschreibung:

Letztlich geht es um eine Veröffentlichung, deren Zitierweise dortselbst (https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9#citeas) etwa wie folgt empfohlen wird:

• Andersen, K.G., Rambaut, A., Lipkin, W.I. et al. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nat Med 26, 450–452 (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9

Der zweite Autor der Veröffentlichung (Andrew Rambaut) ist unter dem Login-Namen »arambaut« ein Moderator für die oben erwähnte Webquelle (https://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398), die am 17. Februar 2020 angelegt wurde und weitere acht Bearbeitungen am selben Tag erfahren hat. Eine weitere Bearbeitung kam am 16. April 2020 hinzu. In den ersten neun Beiträgen (vom 17. Februar 2020) wurde offensichtlich eine Veröffentlichung vorbereitet, im letzten Beitrag (vom 16. April 2020) wurde auf die abschließend erfolgte Veröffentlichung verwiesen. Der Titel der Webquelle zur Vorbereitung ist der gleiche wie der Titel der zitierbaren Veröffentlichung („The proximal origin of SARS-CoV-2“).

Die Beiträge vom 17. Februar 2020 unter „ARCTIC Network“ bilden sozusagen so etwas Ähnliches wie eine „Serie von Preprint-Versionen“. Diese „Preprint-Serie“ wird seit dem 24. Februar 2020 im Artikel SARS-CoV-2 zitiert (diff=prev&oldid=197114068), anfangs nur, um die alternative Schreibweise SARS-CoV-1 für SARS-CoV belegen zu wollen. Diese alternative Schreibweise, SARS-CoV-1, wird in allen Vorbereitungs-Beiträgen verwendet, während in der finalen Veröffentlichung ausschließlich der Ausdruck SARS-CoV für dieses Virus steht.

Heute heißt der Einzelnachweis als Wikitext "arambaut2020" und sieht als Normalanzeige gegenwärtig ungefähr so aus:

57. ↑ ^{a b c} Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry: The Proximal Origin of SARS-CoV-2. In: virological.org, Quelle: ARTIC Network, 17. Februar 2020, Nature

Dieser Einzelnachweis präsentiert vor allem die Webseite mit den Vorbereitungs-Beiträgen mit der dafür richtigen Datumsangabe 17. Februar 2020. Am Ende wurde die Zeichenkette „Nature“ angehängt, die eigentlich einen anderen Einzelnachweis präsentiert, nämlich den Verweis zur „richtigen“ Veröffentlichung in Nature Medicine. Die Vorbereitungs-Beiträge und die Veröffentlichung in Nature Medicine unterscheiden sich inhaltlich und müssten abgegrenzt werden.

ßß-003-ßßTextstellen mit der Referenz:

Der Einzelnachweis (57., "arambaut2020") steht gegenwärtig an drei Stellen im Artikeltext:

• a―im Abschnitt „Molekulargenetik und Phylogenetik“: »Ein weiteres Virusisolat (WIV04, NCBI-GenBank-Nummer MN996528[50]) von SARS-CoV-2 aus der bronchoalveolären Spülflüssigkeit eines der ersten Patienten zeigt ebenfalls phylogenetisch größte Ähnlichkeit mit einem bei einer anderen Fledermausart (Java-Hufeisennase, wissenschaftlich Rhinolophus affinis, englisch intermediate horseshoe bat, verbreitet in Indonesien (Java), Indien, Vietnam, China)[55] in der chinesischen Provinz Yunnan isolierten Coronavirus BatCoV RaTG13; die Genomsequenzen stimmen zu 96,2 % überein.[56][57]«

• b―im Abschnitt „Fledertiere und Schuppentiere“: »Zu Beginn der Pandemie kannte man praktisch keine nah mit SARS-CoV-2 verwandte Viren. Die hochaffine Bindung des SARS-CoV-2 Spike-Proteins an menschliches ACE2 ist höchstwahrscheinlich das Ergebnis einer natürlichen Selektion an einer menschlichen oder menschenähnlichen ACE2, die eine optimale Bindungslösung gestattet. Dass die Genetik des Spike-Proteins von SARS-CoV-2 so gut zum Menschen passt, wird immer wieder als Argument für einen Labor-Ursprung des Virus benutzt.[57][25]«

• c―im Abschnitt „Fledertiere und Schuppentiere“: »Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L,[185] Isolate SRR10168377 und SRR10168378),[157] gerieten diese in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Pangoline Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden (Rote Liste gefährdeter Arten).[44][57][193][194][195][196][185]«

An keiner der drei Stellen scheint einer der Vorbereitungs-Beiträge vom 17. Februar 2020 (ARTIC Network) besser zuzutreffen, als dass dies für die endgültige Veröffentlichung in Nature der Fall wäre. Damit kann ein zusätzliches Zitieren von Vorbereitungs-Beiträgen statt der eigentlichen Publikation entfallen.

ßß-004-ßßPlan:

Ich plane, den Einzelnachweis namens "arambaut2020" durch einen Einzelnachweis namens "Andersen-etal2020_pmid-32284615" auszutauschen, der die Vorlage:Literatur verwendet. Da der Parameter Datum in der Vorlage sich auf ein monatlich erscheinendes gedrucktes Werk bezieht, präsentiert er im konkreten Fall nicht das eigentliche Datum der Publikation vom 17. März 2020 („Published: 17 March 2020“), die zuerst online erfolgte, sondern die spätere Datumsangabe für die Ausgabe Nr. 4 zum April 2020 („Issue Date: April 2020“). Deshalb habe ich das Datum vom 17. März 2020 im Parameter Kommentar ergänzt. Die bisherige Angabe des Datums vom 17. Februar 2020 (im Einzelnachweis namens "arambaut2020") stammt von den Vorbereitungs-Beiträgen auf dem Webportal „ARCTIC Network“, hat keine Relevanz für das Zitieren der Veröffentlichung in Nature Medicine und entfällt damit.

ßß-005-ßßAustausch des Einzelnachweises:

• Bisher ― Webportal unter Virology.org; dort Verweis vom moderator »arambaut« auf die eigentliche Publikation: <ref name="arambaut2020">Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry: [http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398 The Proximal Origin of SARS-CoV-2], auf: virologica.org, Quelle: ARTIC Network, 17. Februar 2020</ref>;
• Nachher ― Wissenschaftliche Publikation in Nature Medicine, Andersen et al., 2020: <ref name="Andersen-etal2020_pmid-32284615">{{Literatur |Autor=Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry |Titel=The proximal origin of SARS-CoV-2 |Sammelwerk=Nature Medicine |Band=26 |Nummer=4 |Datum=2020-04 |Sprache=en |ISSN=1546-170X |DOI=10.1038/s41591-020-0820-9 |PMC=7095063 |PMID=32284615 |Seiten=450–452 |Kommentar=Published: 17 March 2020 (online)}}</ref>.

ßß-006-ßßVorgehensweise:

• Im Artikel SARS-CoV-2 sollen Planungskommentare eingefügt werden. Status: in Vorbereitung.
  • Es sollen vier Textbereiche im Wikitext für die nachfolgenden Änderungen ausgewiesen werden, drei im Bereich sichtbaren Fließtextes und einer innerhalb der Einzelnachweise (zwischen den references-Tags). Der für nicht-bearbeitende Lesende sichtbare Text („Normalanzeige“) soll sich durch die Kommentare nicht verändern.
• Entsprechend der Planungskommentare (bzw. der Darstellung hier) sollen die Quellenangaben angepasst werden. Status: umgesetzt.
  • Der Fließtext soll sich in der Normalanzeige nicht ändern, wohl aber die Angaben, dir für den Einzelnachweis angezeigt werden.
• Nach den Änderungen sollen die Planungskommentare entfernt werden.

Am Ende soll ein Einzelnachweis vorliegen, der eindeutig auf die eigentliche Publikation verweist, während eine Verwechselung mit den Entwurfsbeiträgen zu einem anderen Datum weitestgehend vermieden werden soll. Eine Änderung der Zuordnung des Einzelnachweises zu den Textstellen oder des Textes selbst wird hier (als bis zur Entfernung der Planungskommentare) nicht vorgenommen.  Zum Beitragsanfang↑  

MfG --~~

Z

Der Einzelnachweis 57 steht gegenwärtig an drei Stellen:

a: Ein weiteres Virusisolat (WIV04, NCBI-GenBank-Nummer MN996528[50]) von SARS-CoV-2 aus der bronchoalveolären Spülflüssigkeit eines der ersten Patienten zeigt ebenfalls phylogenetisch größte Ähnlichkeit mit einem bei einer anderen Fledermausart (Java-Hufeisennase, wissenschaftlich Rhinolophus affinis, englisch intermediate horseshoe bat, verbreitet in Indonesien (Java), Indien, Vietnam, China)[55] in der chinesischen Provinz Yunnan isolierten Coronavirus BatCoV RaTG13; die Genomsequenzen stimmen zu 96,2 % überein.[56][57]

• <nowiki>Ein weiteres Virusisolat (WIV04, NCBI-GenBank-Nummer MN996528<ref name="nucleotide" />) von SARS-CoV-2 aus der bronchoalveolären Spülflüssigkeit eines der ersten Patienten zeigt ebenfalls phylogenetisch größte Ähnlichkeit mit einem bei einer anderen Fledermausart ('''Java-Hufeisennase''', wissenschaftlich ''Rhinolophus affinis'', {{enS|intermediate horseshoe bat}}, verbreitet in Indonesien (Java), Indien, Vietnam, China)<ref name="sdw_ou">[http://www.sdw-oberursel.de/rhinolophus.html ''Hufeisennasenfledermäuse.''] [[Schutzgemeinschaft Deutscher Wald]], Oberursel vom 16. Dezember 2015</ref> in der chinesischen Provinz '''Yunnan''' isolierten Coronavirus BatCoV RaTG13; die Genomsequenzen stimmen zu 96,2 % überein.<ref name="Zhou_Nature_20200203" /><ref name="arambaut2020" /></nowiki>

b: Zu Beginn der Pandemie kannte man praktisch keine nah mit SARS-CoV-2 verwandte Viren. Die hochaffine Bindung des SARS-CoV-2 Spike-Proteins an menschliches ACE2 ist höchstwahrscheinlich das Ergebnis einer natürlichen Selektion an einer menschlichen oder menschenähnlichen ACE2, die eine optimale Bindungslösung gestattet. Dass die Genetik des Spike-Proteins von SARS-CoV-2 so gut zum Menschen passt, wird immer wieder als Argument für einen Labor-Ursprung des Virus benutzt.[57][25]

• <nowiki>Zu Beginn der Pandemie kannte man praktisch keine nah mit SARS-CoV-2 verwandte Viren. Die hochaffine Bindung des SARS-CoV-2 Spike-Proteins an menschliches ACE2 ist höchstwahrscheinlich das Ergebnis einer natürlichen Selektion an einer menschlichen oder menschenähnlichen ACE2, die eine optimale Bindungslösung gestattet. Dass die Genetik des Spike-Proteins von SARS-CoV-2 so gut zum Menschen passt, wird immer wieder als Argument für einen Labor-Ursprung des Virus benutzt.<ref name="arambaut2020" /><ref name="Hassanin2019-03" /></nowiki>

c: Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (Manis javanica, en. Sunda pangolin) Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L,[185] Isolate SRR10168377 und SRR10168378),[157] gerieten diese in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Pangoline Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden (Rote Liste gefährdeter Arten).[44][57][193][194][195][196][185]

• <nowiki>Nachdem in Malaiischen Schuppentieren (''Manis javanica'', en. ''{{lang|en|Sunda pangolin}}'') Coronaviren mit hoher genetischer Übereinstimmung zum SARS-CoV-2 gefunden wurden (Manis-CoV, genauer Pan_SL-CoV_GD/P1L,<ref name="Zhang2020" /> Isolate SRR10168377 und SRR10168378),<ref name="Li2020-02" /> gerieten diese in Verdacht der Ursprung der Pandemie zu sein, obwohl Pangoline Einzeltiere sind, die relativ kleine Populationsgrößen aufweisen, aber trotz Verbots in China gehandelt werden ('''Rote Liste gefährdeter Arten''').<ref name="Fischer_Spektrum_20200210" /><ref name="arambaut2020" /><ref name="Cyranoski_Nature_20200207">{{Literatur |Autor=David Cyranoski |Titel=Did pangolins spread the China coronavirus to people? |Sammelwerk=[[Nature]] |Datum=2020-02-07 |Sprache=en |DOI=10.1038/d41586-020-00364-2}}</ref><ref>Mike McRae: [https://www.sciencealert.com/coronavirus-discovery-in-pangolins-shows-why-wildlife-markets-need-better-regulations Coronaviruses Similar to The COVID-19 One Have Just Been Found in Pangolins], auf ''science^alert'' vom 27. März 2020 (mit „COVID-19“ ist nicht die menschliche Krankheit, sondern es sind allgemein Sarbecoviren gemeint, mit „Coronaviruses“ speziell nur SARS-CoV-2). Die Schuppentiere bzw. Teile derselben waren bei einer Anti-Schmuggel Operation vom chinesischen Zoll beschlagnahmt worden, bei Pan_SL-CoV_GD in der Provinz [[Guandong]], bei Pan_SL-CoV_GX in der Provinz [[Guangxi]].</ref><ref>Tommy Tsan-Yuk Lam et al.: [https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0 Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins], in: ''Nature'' vom 26. März 2020, [[doi:10.1038/s41586-020-2169-0]] (Preprint)</ref><ref>[https://scitechdaily.com/pangolins-not-snakes-may-be-missing-link-in-coronavirus-jump-from-bats-to-humans/ ''Pangolins, Not Snakes, May Be Missing Link in Coronavirus Jump From Bats to Humans''], auf: ''SciTechDaily'' vom 27. März 2020, Quelle: American Chemical Society</ref><ref name="Zhang2020">Chengxin Zhang et al.: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.0c00129# Protein Structure and Sequence Reanalysis of 2019-nCoV Genome Refutes Snakes as Its Intermediate Host and the Unique Similarity between Its Spike Protein Insertions and HIV-1], in: American Chemical Society: J. Proteome Res. vom 22. März 2020, [[doi:10.1021/acs.jproteome.0c00129]]; [https://arxiv.org/abs/2002.03173 PrePrint], [https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/2002/2002.03173.pdf PrePrint Volltext] (PDF) vom 8. Februar 2020</ref></nowiki>

Vierte Stelle im Wikitext: letzter Eintrag in der references-Liste (<references responsive>...</references>)

• <nowiki><ref name="arambaut2020">Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry: [http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398 ''The Proximal Origin of SARS-CoV-2.''] In: ''virological.org'', Quelle: ARTIC Network, 17. Februar 2020, [https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 Nature] </ref></nowiki>

test

• - DiskussionsAbschnitt Diskussion:SARS-CoV-2#Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615;

• - Permanentlink zum Diskussions-Abschnitt: [1];

• - Vergleich zur Vorversion der Diskussionsseite: Spezial:Diff/215149279;

Einfügen von Planungskommentaren, siehe Diskussion ([[Diskussion:SARS-CoV-2#Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615]]; [[Spezial:Diff/215149279]]); Status: in Vorbereitung.

Umsetzung von Planungskommentaren, siehe Diskussion ([[Diskussion:SARS-CoV-2#Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615]]; [[Spezial:Diff/215149279]]); Status: umgesetzt.

Entfernen von Planungskommentaren.

--

Umsetzung

Beteiligte Bearbeitungs-Versionen:

Direkte Vorversion – oldid=215114216

• 2021-08-28T07:34:09 UTC (09:34 Uhr MESZ) / 209.094 Bytes (−9) →Charakteristik der Delta-Variante: Delta-Variante B.1.617.2 hat sich durchgesetzt und ist als einzige Untervariante von B.1.617 als VOC eingestuft, daher fokussierte Überschrift.

Erste Zwischenversion (Status: in Vorbereitung) – oldid=215150465

• 2021-08-29T11:42:18 UTC (13:42 Uhr MESZ) / 210.452 Bytes (+1.358) Einfügen von Planungskommentaren, siehe Diskussion (Diskussion:SARS-CoV-2#Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615; Spezial:Diff/215149279); Status: in Vorbereitung.

Zweite Zwischenversion (Status: umgesetzt) – oldid=215152367

• 2021-08-29T12:32:54 UTC (14:32 Uhr MESZ) / 210.545 Bytes (+93) Umsetzung von Planungskommentaren, siehe Diskussion (Diskussion:SARS-CoV-2#Direkter Einzelnachweis für PubMed-ID 32284615; Spezial:Diff/215149279); Status: umgesetzt.

Ergebnis – oldid=215153044

• 2021-08-29T12:54:02 UTC (14:54 Uhr MESZ) / 209.214 Bytes (−1.331) Entfernen von Planungskommentaren.

Vergleich von Bearbeitungs-Versionen:

• Vergleich der Zwischenversionen – diff=215152367&oldid=215150465
• Vergleich Vorversion―Ergebnis – diff=215153044&oldid=215114216

MfG --~~