Diskussion:SARS-CoV

Nanu?

Wieso gibt's denn hier keine Beiträge? Es sollte geradezu überquellen. --77.0.242.157 23:49, 24. Feb. 2020 (CET)

Ich vermute, dass SARS (und MERS) ausgestorben ist. Sogar die WHO-Seite mit den kumulativen Fällen wird seit 2004 nicht mehr aktualisiert. https://www.who.int/csr/sars/country/en/ Der Wikipedia-Artikel beschreibt daher vermutlich einen Zustand vor ca. 15 Jahren und liest sich daher etwas merkwürdig. Auch die Forschung zu SARS u. MERS scheint sehr zurückgegangen zu sein. Kann jemand bestätigen (oder widerlegen), dass es seit Jahren keine aktuellen Fälle von SARS (bzw. MERS) mehr gibt? Das wäre eine sehr wichtige Information. (nicht signierter Beitrag von 217.247.30.112 (Diskussion) 21:59, 6. Apr. 2020 (CEST))

1. Bitte Diskussionsbeträge einrücken, siehe 5. unter https://de.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Diskussionsseiten
2. Ja, hier steht etwas dazu https://www.who.int/mediacentre/news/releases/2003/pr56/en/ jedoch steht dort auch "The world is not yet SARS-free." In eigener Notiz: Grundlegend wundert mich auch wie wenig über SARS-CoV-1 gesprochen bzw. behandelt wird (hier auf der Artikel Seite aber auch in den Medien; RKI siehe hier https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/S/SARS/SARS.html) --17387349L8764 (Diskussion) 10:57, 15. Feb. 2021 (CET)

ACE2-Rezeptor

Im einleitenden Abschnitt vom "ACE2-Rezeptor" zu sprechen, scheint mir zumindest missverständlich. ACE2 ist der funktionelle Rezeptor für SARS-CoV. Ansonsten ist ACE2 kein Rezeptor. (nicht signierter Beitrag von Neidhardt (Diskussion | Beiträge) 11:21, 17. Mär. 2020 (CET))

"SARS-assoziiertes Coronavirus": Noch in den Artikel einfügen, was in dem Fall 'assoziiert' bedeutet?

Siehe Abschnittsüberschrift. Carmol7 (Diskussion) 10:47, 19. Mär. 2020 (CET)

Danke für den Hinweis. Offenbar wurde die Bezeichnung SARSr-CoV im Sinne von SARS-ähnliche Coronaviren verstanden, entsprechend der heutigen Untergattung Sarbecovirus: die nähere Verwandtschaft der Spezies SARS-CoV. D. h. related = verwandt; oft findet sich stattdessen auch synonym die früher für Virusgruppen sehr gängige Bezeichnung mit like: SARS-like.

Der offizielle ICTV-Name für diese Spezies ist tatsächlich Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, das related (synonym associated/assoziiert) also so verstanden,dasses zur Krankheit SARS gehört. Die Namensgebung erscheint in diesem Zusammenhang nicht überaus glücklich. In der en WP steht abweichend von der ICTV-Sprachregelung auch nur Severe acute respiratory syndrome coronavirus.

Analog ist es mit MERS, MERS-CoV, MERSr-CoV = Merbecovirus (MERS-like).

So werden SARSr-CoV und MERSr-CoV leider oft auch im Sinn der Spezies SARS-CoV und MERS-CoV gebraucht, nicht für Sarbecovirus bzw. Merbecovirus.

--Ernsts (Diskussion) 18:42, 16. Apr. 2020 (CEST)

Frage

warum die außergewöhnliche kursive Überschrift ?

--Über-Blick (Diskussion) 00:07, 19. Mär. 2020 (CET)

Keine Ahnung. War schon in der Ursprungsversion drin. Kann man ändern. Gruß -- Nasir Wos? 00:08, 19. Mär. 2020 (CET)

Wie ändert man das? Doch nicht durch "Verschieben"? Carmol7 (Diskussion) 00:13, 19. Mär. 2020 (CET)

habe nun hier nachgefragt --Über-Blick (Diskussion) 11:03, 19. Mär. 2020 (CET)

• Wikipedia:Fragen zur Wikipedia/Archiv/2020/Woche 12#Frage zu außergewöhnlich kursiven Lemma-Titeln
• International Committee on Taxonomy of Viruses#Taxonomische Regeln

Ist wohl internationale Konvention Viren-Taxa kursiv zu schreiben. --Diwas (Diskussion) 16:30, 28. Mär. 2020 (CET)

:-) Bei Viren gilt das für alle taxonomischen Ränge von Spezies=Art an aufwärts (für die das ICTV zuständig ist), für zelluläre Organismen inder Bio nur für Gattung/Spezies/Subspezies. Gilt nicht für reine Abkürzungen wie SARS-CoV (außer sie sind Teil des vollen Artnamens). Gilt auch nicht für Stämme (im Sinn von en. strain) und Isolate von Viren. Bei Virussubspezies... den Rang führt das ICTV gar nicht offiziell. Also auch kursiv wie sonst in der Taxonomie oder nicht? Dabei wurde jetzt SARS-CoV-2 vom ICTV der Spezies SARS-CoV untergeordnet (AFAIK sagt das ICTV dazu allerdings nicht subspecies, aber wie soll man das sonst griffig nennen. Gibt es dazu eigentlich Referenzen?)

Die Überschrift macht übrigens die Taxobox kursiv, wenn es ein taxonomischer Rang ist: Vorlage:Infobox Virus, den Automatismus hatte ich vor einiger Zeit da mal eingebaut, um den ICTV-Regeln zu entsprechen. Abschaltbar mit kursiv = nein. Eine Box in einem anderslautenden Artikel (z. B. zum Abschnitt Erreger im Artikel zu einer Krankheit) macht das übrigens nicht.

--Ernsts (Diskussion) 19:16, 16. Apr. 2020 (CEST)

Was ist Gegenstand dieses Artikels? Untergattung Sarbecoviren oder Spezies? Oder Unterart SARS-CoV-1?

Was ist Gegenstand dieses Artikels? Untergattung Sarbecoviren oder Spezies? Oder Unterart SARS-CoV-1? In der Infobox höert es zunächst bei der Untergattung auf. --Diwas (Diskussion) 18:23, 19:32, 29. Mär. 2020 (CEST)

Vor SARS-CoV-2 war klar, dass SARS-CoV das alte SARS-Virus meint. Und das war vom ICTV als Spezies eingestuft. Jetzt hat das ICTV das neue SARS-CoV-2 als Subspezies dieser Spezies untergeordnet. Also muss man neuerdings SARS-CoV-1 sagen, wenn man das alte Virus (als eine Subspezies) meint, und SARS-CoV ist der Oberbegriff (eine Spezies mit 2 Subspezies).

Sei's drum, bei HIV ist's ja nicht besser: Nachdem man HTLV-3 und -4 in HIV-1 und -2 unbenannt hatte, wurden HTLV-3 und -4 neu - anders - vergeben. Da muss man auch immer auf das Datum einer Veröffnetlichung schauen. Aber da sind HIV-1 und -2 zwei voneinander verschiedene Spezies, die sich beide von verschiedenen Affenviren (SIVs) ableiten, also jeweils mit diesen am nächsten verwandt sind, und nicht HIV-2 mit HIV-1 untereinander. Mit anderen Worten: HIV ist kein taxonomischer Begriff (= Bezeichnung einer Verwandtschaftsgruppe).

--Ernsts (Diskussion) 18:53, 16. Apr. 2020 (CEST)

Baustein

Mir ist aktuell der Sinn des Bausteins unklar. Es geht hier um SARS-CoV von SARS dem Original. Dass SARS-CoV mittlerweile als Überbegriff für 1+2 gelten soll ist mir bis dato nicht bekannt. Gibt es hierfür Belege? en nennt seinen Artikel auch noch immer Severe acute respiratory syndrome coronavirus und nicht SARS-CoV-1. Ich bin wirklich kein Experte für Virennomenklatur aber ich würde bitten einen Beleg zu Erbringen das SARS-CoV das Original jetzt SARS-CoV-1 heisst. Ich gebe zu es wäre logisch. Aber ohne Beleg Lemma ändern wäre m.E. TF Gruß -- Nasir Wos? 23:30, 10. Apr. 2020 (CEST)

Das ist doch der Sinn des Bausteins, zur Klärung aufzufordern, das klarszustellen. Ein Beleg für Sars-CoV-1 steht ja schon in der Einleitung [Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry: The Proximal Origin of SARS-CoV-2, auf: virologica.org, Quelle: ARTIC Network, 17. Februar 2020], ob das Konsens ist weiß ich nicht, und siehe eins drüber, die Infobox nennt nicht einmal die Art Sars-CoV oder wie die heißen mag, sondern nur die übergeordnete Untergattung Sarbecovirus. --Diwas (Diskussion) 01:55, 11. Apr. 2020 (CEST)

Hmm... Danke für die Quelle. Würde infolgedessen vorschlagen den Artikel einfach auf SARS-CoV-1 zu verschieben. Gruß -- Nasir Wos? 02:26, 11. Apr. 2020 (CEST)

Klingt zunächst sinnvoll, wäre aber offen, ob zusätzlich Artikel zur Untergattung und/oder zur Art erstellt werden sollten. Und wer passt den oder die Artikel an die jeweiligen Artikelgegenstände an? --Diwas (Diskussion) 03:11, 11. Apr. 2020 (CEST)

Tja Alternativvorschläge? -- Nasir Wos? 11:25, 11. Apr. 2020 (CEST)

Wenn keine Einwände kommen, würde ich diesen Artikel auf SARS-CoV-1 verschieben und inhaltlich anpassen, denn alle verwendeten Quellen beziehen sich auf dieses Virus. Und SARS-assoziiertes Coronavirus wird zur Begriffsklärungsseite, bis jemand einen Übersichtsartikel zu SARS-CoV-1 und -2 schreiben möchte. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 11:32, 11. Apr. 2020 (CEST)

+1 -- Nasir Wos? 11:48, 11. Apr. 2020 (CEST)

Einspruch. Solange das bei ICTV schlicht SARS-CoV heißt, wäre eine Verschiebung nur aufgrund einer rausgegriffenen Publikation voreilig. Im Nature Microbiology Artikel (https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z), der SARS-CoV-2 benennt, wird für das ältere Virus weiterhin SARS-CoV verwendet. Meiner Meinung nach ist die derzeitige Darstellung under dem Lemma (...wird gelegentlich auch als SARS-CoV-1 bezeichnet...) völlig ausreichend.--80.187.112.197 17:20, 11. Apr. 2020 (CEST)

Ich weiß nicht was richtig ist, wichtig wäre aber, dass so oder so klargestellt wird, was der Artikel beschreibt. Ist SARS-CoV eine Art oder eine Unterart? --Diwas (Diskussion) 00:13, 01:01, 12. Apr. 2020 (CEST)

Mir ist das ehrlich gesagt Jacke wie Hose. -- Nasir Wos? 02:51, 12. Apr. 2020 (CEST)

Mir ist auch nicht klar, warum die Diskussion so läuft. Letztlich stellt sich die Frage: "Will man einen oder zwei Artikel". Will man einen Artikel, so müßte für das Wort "Virus" die Mz verwendet werden, denn es sind - wie mittlerweile auch OMA weiß - zwei unterschiedliche, die das Syndrom auslösen können. Will man zwei, so wäre für SARS-CoV2 ein zweiter zu erstellen und der bisherige auf SARC-CoV1 zu verschieben (allerdings müßte der mittlerweile auf mögliche eingepflegte Inhalte bezogen auf 2019/20 durchgesehen werden). Viele Grüße Redlinux^{·→·☺·RM} 14:18, 17. Apr. 2020 (CEST)

Ähem, SARS-CoV-2 existiert schon länger. Es geht darum, dass manche neuere Paper aus dem alten SARS-CoV SARS-CoV-1 gemacht haben und die ICTV noch nicht. Die Inhalte wurden schon überprüft (s. o.), dieser Artikel handelt vom alten Virus. Grüße, --Ghilt (Diskussion) 15:10, 17. Apr. 2020 (CEST)

Ich versuche Mal einen Überblick zu schaffen:

„In contrast to SARS-CoV, the name SARS-CoV-2 has NOT been derived from the name of the SARS disease, and in no way, it should be used to predefine the name of the disease (or spectrum of diseases) caused by SARS-CoV-2 in humans, which will be decided upon by the WHO.“

– ICTV-CSG in: Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M. Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L. M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group. In: bioRxiv. 11. Februar 2020, bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext), S. 1–20, doi:10.1101/2020.02.07.937862 (englisch). 

Also formal ist es so:

• Coronaviridae (Familie)

• Ortocoronavirinae (Unterfamilie)

• Betacoronavirus (Gattung)

• Sarbecovirus (Untergattung)

• Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (Art)

• SARS-CoV

gebräuchliche Alternativen: SARS-CoV-1, SARS-CoV[-1], SARS coronavirus (engl.), etc.

• SARS-CoV-2

gebräuchliche Alternativen: 2019-nCov (veraltet), SCV (veraltet), etc.

• BatCoV RaTG13

nächster Verwandter von SARS-CoV-2

• …

SARS-CoV-2 löst nicht SARS aus, sondern COVID-19. Man kann beide Viren als SARS-assoziiert bezeichnen, aber nur das erste als SARS-auslösend etc.. „SARS-assoziertes Coronavirus“ ist (zumindest international) offizielle Bezeichnung von gar nichts. Es ist eine abkürzende, dt. Übersetzung des Art-Namens. Der erste Virus hieß SARS-CoV und war abgeleitet von der Krankheit SARS. Deshalb war es auch legitim, von „SARS-Coronavirus“ oder „SARS-assoziiertem Coronavirus“ zu sprechen. Letzteres ist nun obsolet, da es im Namenskonflikt zum Art-Namen Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus stehen würde.

„Names of viruses (the physical things […] that make you sick) are written differently than the names of species (logical constructs that help us categorize viruses). A species name […] is written in italics […]. A species name should not be abbreviated. […] A virus name should never be italicized […]. This ensures that it is distinguishable from a species name, which otherwise might be identical. […] [V]irus names […] may […] be abbreviated. […] A higher taxon name (i.e. above the rank of species) is written as a single word with a taxon-specific suffix. […] Like a species name, a higher taxon name is written in italics […]. This differs from the convention in botany and zoology […]. […] A collective name for a group of viruses […] is neither italicized […].“

– ICTV-Faq – How to write virus and species names

Der Titel des Artikels ist kursiv, weil das die offizielle Richtlinie für taxonomische Bezeichnungen der ICTV ist. Offizielle Richtlinie der ICTV ist es auch, Nicht-Taxa nicht-kursiv zu schreiben, um Verwechslungen vorzubeugen. Der aktuelle Artikel bezeichnet – aufgrund seines Schriftstils – ein höheres Taxon oder eine Art, aber kein Virus – wenn man den Richtlinien folgt. Obschon er deutsch ist und international nicht offiziell, mag es eine offizielle deutsche Regelung geben, die den Artikel als eindeutige Übersetzung zulässt. Viele lateinische Namen haben ja auch dt. Entsprechungen. Wie da die offizielle Wikipedia-Politik ist, weiß ich jetzt nicht.

Jedenfalls sollte unter diesen Lemma auf keinen Fall ein (einzelnes) Virus besprochen werden, obschon unter demselben Lemma in nicht-kursiver Schrift das Virus besprochen werden könnte (d.h Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus ist ein Art-Name, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus könnte ein Virusname sein). Ob das technisch möglich ist weiß ich nicht. Kann auch dahingestellt bleiben. Denn der korrekte Art-Name ist: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (kursiv!), der korrekte Virusname ist: SARS-CoV (kursiv!), darum sollte es auch genau diese zwei Artikel geben mit eben diesen Namen. Deren Inhalt sollte einmal die Art, einmal den Virus beschreiben.

SARS-CoV-1 ist legitim als gängige, abkürzende Schreibweise – auch in der WP. Solange klar (oder unwichtig) ist, dass SARS-CoV-1 die Abkürzung des Namens „SARS-CoV“ und nicht der Name selbst ist. Ja, ja, ich sehs auch: Die Abkürzung ist länger als das Abgekürzte. Man muss sich aber SARS-CoV-1 als Kurzschreibweise für sowas wie „SARS-CoV, das zuerst entdeckte,“ denken.

„Virus taxon names (species, genus, subfamily, family, and order names) have been formally approved […]. These names represent universal identifiers and as such, they should be written in the form in which they were approved, and not translated into other languages or alphabets. […] Virus names […] are different from taxon names in that they have not been universally assigned nor approved […]. Therefore these virus names may […] be translated as desired into local languages and alphabets.“

– ICTV-Faq – Can I translate virus names into my own language?

(Man beachte, dass hier Quasispezies, Subspezies, Untergattung, Unterordnung etc. nicht unter Virus-Taxon-Namen aufgeführt sind.)

Der jetzige Titel ist inakzeptabel und sollte in eine Weiterleitung auf eine BKL: SARS-assoziiertes Coronavirus (nicht-kursiv), umgewandelt werden, da er als Stichwort bzw. Suchbegriff sowohl die Art als auch den Virus bezeichnen kann. Auf der BKL sollte dann beides (Art und Virus) verlinkt sein. Weiters sollte es einen Artikel Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (kursiv) und einen Artikel SARS-CoV (normal geschrieben) geben. Und etliche Weiterleitungen sollte es geben auf einen der beiden Artikel oder die genannte oder weitere BKLen. Der größte Teil des aktuellen Inhalts sollte in den Artikel SARS-CoV rein.

Nochmal beispielhaft: SARS-CoV[-1] und SARS-CoV-2 sind von ihrer Spezies her SARS-assoziierte Coronaviren (nicht-kursiv; freie dt. Übersetzung; leider super irreführend) und Mitglieder der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (kursiv; offizieller Art-Name; immer noch irreführend, da nur eins davon SARS auslöst) und der Untergattung Sarbecovirus (kursiv, in Anlehnung an die ICTV-Taxonomie (und den eigenen ICTV-Gebrauch), aber nicht aufgrund von ICTV-Regeln; ebenfall, aber weniger, irreführend). Lang geschrieben sind auch beide Severe acute respiratory syndrome-assoziierte Coronaviren, oder Schweres-akutes-respiratorisches-Syndrom-assoziierte Coronaviren (alles nicht-kursiv, da Sammelbezeichnungen bzw. „collective names“).

Man sollte wohl immer dazusagen, dass assoziiert / related hier nur auf eine geschichtliche oder nomenklatorisch-konzeptuelle Beziehung hinweist, nicht auf eine gemeinsame Erkrankung „SARS“ oder Erkrankungen ähnlichen Namens wie „SARS“ und „SARS-2“, noch nicht mal auf sehr ähnliche Erkrankungen.

„[…] SARS-CoV-2 […] is assigned to an existing species of hundreds of known viruses […]. All these viruses have names derived from SARS-CoV […], […] only the human isolates collected during the 2002-2003 outbreak have been confirmed to cause SARS […]. Thus, the reference to SARS in all these virus names […] acknowledges the phylogenetic grouping […] with viruses […] from SARS patients […], rather than linking this virus to a specific disease (i.e., SARS) […].“

– ICTV-CSG in: Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M. Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L. M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group. In: bioRxiv. 11. Februar 2020, bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext), S. 1–20, doi:10.1101/2020.02.07.937862 (englisch). 

Ob SARS-CoV (und gleichfalls SARS-CoV-2) eine Unterart ist, weiß ich nicht. Ich habe da schon verschiedene Bezeichnungen gelesen: Unterart, Subspezies, Quasispezies, Individuum, Virus.

--Markus Prokott (Diskussion) 11:21, 26. Apr. 2020 (CEST)

Ist das nun richtig, was ich hier geschrieben habe? Oder hats nur keiner gelesen? Ich würde mich nämlich ansonsten demnächst mal dranmachen, das umzusetzen. Da das aber ein beträchtlicher Eingriff in den Wikipedia-Inhalt ist (sehr viele Links verweisen auf diesen Artikel i. S. d. Virus und würden danach zunächst auf eine BKL verweisen), würde ich das lieber nicht machen, ohne ein paar Kommentare dazu bekommen zu haben.

Der vorgeschlagene Ablauf wäre wie folgt:

1. Neuer Artikel
   • Titel: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (kursiv)
   • Inhalt: Die Spezies allgemein  •  Die Viren SARS-CoV und SARS-CoV-2; kurz mit Verweis auf die Hauptartikel  •  Weiteres
2. Neuer Artikel (bzw. Verschiebung des aktuellen Artikels auf neuen Titel)
   • Titel: SARS-CoV
   • Inhalt: Hinweis, dass der Titel auch (zumindest in älterer Literatur) als Abkürzung für die Spezies vorkommt  •  Die meisten Inhalte des aktuellen Artikels  •  Die Inhalte des aktuellen Artikels, die die Spezies (so als wäre sie Titelthema des Artikels) beschreiben werden angepasst, entfernt, oder in den Spezies-Artikel eingearbeitet. Analoges gilt für andere Inhalte mit derselben Problematik.
3. BKL
   • Titel: SARS-assoziiertes Coronavirus (nicht-mehr-kursiv)
   • Inhalt: Allgemeine Einleitung und Bedeutungsvarianten:
     • Lemma ist dt. Übersetzung für engl. „SARS-related Coronavirus“ und „SARS-associated Coronavirus“ (nicht zu verwechseln mit dt. „SARS-ähnliches Coronavirus“ und engl. „SARS-like Coronavirus“). Alle drei Formen sind …
       • die Kurzschreibweise für die Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
       • die Langform bzw. die Ausschreibung des Kürzels SARSr-CoV
       • die alte oder umschreibende Bezeichnung für die Untergattung Sarbecovirus
       • die früher alternative Bezeichnung für das Virus bzw. die Unterart Severe-acute-respiratory-syndrome-Coronavirus (SARS-CoV)

       (Edit: Markus Prokott (Diskussion) 23:11, 7. Mai 2020 (CEST))

4. Weiterleitungen (soweit nicht schon vorhanden) (Dafür / dagegen / weitere?)

   (A) SARS-CoV-1 → SARS-CoV

   (B) 2019-nCoV → SARS-CoV (Edit: Markus Prokott (Diskussion) 18:19, 8. Mai 2020 (CEST))

   (C) SARSr-CoV → Sarbecovirus (Edit: Markus Prokott (Diskussion) 18:19, 8. Mai 2020 (CEST))

   (D) SARS-related Coronavirus → SARS-assoziiertes Coronavirus (Edit: Markus Prokott (Diskussion) 23:11, 7. Mai 2020 (CEST))

   (E) SARS-associated Coronavirus → SARS-assoziiertes Coronavirus (Edit: Markus Prokott (Diskussion) 23:11, 7. Mai 2020 (CEST))

   (F) Severe-acute-respiratory-syndrome-assoziiertes Coronavirus → Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

   (G) Schweres-akutes-Atemwegssyndrom-assoziiertes Coronavirus → Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

   (H) Severe-acute-respiratory-syndrome-Coronavirus → SARS-CoV

   (I) Schweres-akutes-Atemwegssyndrom-Coronavirus → SARS-CoV

   (J) SARS-Coronavirus → SARS-CoV

   Edit: Markus Prokott (Diskussion) 23:11, 7. Mai 2020 (CEST):

   (K) SARS-related coronavirus → Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

   (L) SARS-associated coronavirus → Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

   (M) SARS-assoziiertes Coronavirus → Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

   Edit: Markus Prokott (Diskussion) 12:49, 8. Mai 2020 (CEST):

   (N) severe acute respiratory syndrome coronavirus (kleingeschrieben) → SARS-CoV

   (O) SARSr-CoV → Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

5. Vielleicht kriege ich noch einen neuen (zumindest Rumpf-)Artikel „Sarbecovirus“ hin

Anregungen? --Markus Prokott (Diskussion) 08:57, 1. Mai 2020 (CEST)

Das Ergebnis meiner bisherigen Recherchen zeigte, dass „SARSr-CoV“, „SARS-related Coronavirus“, „SARS-assoziiertes Coronavirus“ etc. Bezeichnungen nur für die Spezies sind und nie für ein anderes Taxon waren. Daher brauchts da auch keine BKL mehr, sondern einfache Weiterleitungen auf die Spezies.

Meine Entwürfe der Artikel könnt ihr auf Unterseiten meiner Benutzerseite bewundern, sie sind hier aufgelistet.

--Markus Prokott (Diskussion) 23:11, 7. Mai 2020 (CEST)

Fertig

Schönen Gruß --Markus Prokott (Diskussion) 18:55, 8. Mai 2020 (CEST)

Unklarer Satz wegen fehlenden Wortes

@Nasiruddin: Du hast folgenden Satz eingefügt, in dem mir mind. 1 Wort zu fehlen scheint:

Bei drei genesenen Patienten der SASRS-Pandemie konnten noch neun bis elf Jahre ___ eine Immunantwort mittels T-Gedächtniszellen und Cytotoxische T-Zellen nachgewiesen werden.

Hervorhebung von mir. Was bedeutet das?

• 9 bis 11 Jahre lang in regelmäßigen Tests?
• 9 bis 11 Jahre nach (einem bestimmten Zeitpunkt), z.B. nach ihrer Erkrankung oder Genesung?

--Frupa (Diskussion) 01:59, 20. Apr. 2020 (CEST)

Das richtige Wort wäre nach. Danke dass es dir aufgefallen ist. Gruß -- Nasir Wos? 10:24, 20. Apr. 2020 (CEST)

Einfach nur nach war mir noch nicht präzise genug. Ich dachte, die Quelle wäre sicher kompliziert zu lesen. Aber jetzt habe ich mal einen Blick darauf gewagt und meine Frage wird ganz einfach direkt im Abstract beantwortet.

Dieser Abschnitt kann archiviert werden. --Frupa (Diskussion) 19:13, 20. Apr. 2020 (CEST)

Marderhund

Den Marderhund als Vektor nicht vergessen [1], [2] Sciencia58 (Diskussion) 07:35, 7. Mai 2020 (CEST)

Synthetische Rekombinante

Interessant, wie in der amerikanischen Wikipedia zwei Sätze hintereinandergestellt werden:[3]

"Although the bat SARS virus did not replicate in cell culture, in 2008, American researchers altered the genetic structure of bat SARS virus with the human receptor binding domain both in the bat virus and in the mice which demonstrated how zoonosis might occur in evolution." [4] "Phylogenetic analysis of these viruses indicated a high probability that SARS coronavirus originated in bats and spread to humans either directly or through animals held in Chinese markets." [5]

"Obwohl sich das Fledermaus-SARS-Virus in Zellkulturen nicht vermehrte, veränderten amerikanische Forscher 2008 die genetische Struktur des Fledermaus-SARS-Virus mit der menschlichen Rezeptor-Bindungsdomäne sowohl im Fledermausvirus als auch in den Mäusen, was zeigte, wie Zoonose in der Evolution auftreten kann." "Die phylogenetische Analyse dieser Viren zeigte eine hohe Wahrscheinlichkeit, dass das SARS-Coronavirus von Fledermäusen ausging und entweder direkt oder über Tiere, die auf chinesischen Märkten gehalten wurden, auf den Menschen übertragen wurde."

Das wurde 2008 veröffentlicht, also müssen sie es schon vorher gemacht haben. Sciencia58 (Diskussion) 11:26, 9. Mai 2020 (CEST)

Abstract ins Deutsche übersetzt:

"Die Definition prospektiver Wege, auf denen sich Zoonosen entwickeln und als humanpathogene Erreger auftauchen, ist entscheidend für die Antizipation und Kontrolle sowohl natürlicher als auch absichtlicher Pandemien. Die Vorhersage haltbarer Pfade des Übergangs vom Tier zum Menschen wurde jedoch durch Probleme bei der Identifizierung von Reservoirarten, der Kultivierung zoonotischer Organismen in Kultur und der Isolierung von Genomen in voller Länge für Klon- und Genstudien erschwert. Die Möglichkeit, aus synthetisierten cDNAs rekonstituierte Pathogene zu entwerfen und wiederzugewinnen, hat das Potenzial, diese Hindernisse zu überwinden, indem sie Studien der Replikation und Pathogenese ohne Identifizierung von Reservoir-Spezies oder Kultivierung von Primärisolaten ermöglicht. Hier berichten wir über das Design, die Synthese und die Wiederherstellung der größten synthetischen sich replizierenden Lebensform eines 29,7-kb Fledermaus-ähnlichen Coronavirus (Bat-SCoV) mit schwerem akuten respiratorischen Syndrom (SARS), einem wahrscheinlichen Vorläufer der SARS-CoV-Epidemie. Um einen möglichen Entstehungsweg vom nicht kultivierbaren Bat-SCoV zum humanen SARS-CoV zu testen, entwarfen wir ein Konsens-Bat-SCoV-Genom und ersetzten die Bat-SCoV Spike-Rezeptor-Bindungsdomäne (RBD) durch die SARS-CoV RBD (Bat-SRBD). Bat-SRBD war in Zellkultur und in Mäusen infektiös und wurde durch Antikörper, die sowohl für Fledermaus- als auch für humane CoV-Spike-Proteine spezifisch waren, effizient neutralisiert. Rationelles Design, Synthese und Wiederherstellung von hypothetischen rekombinanten Viren kann zur Untersuchung der Mechanismen der transspeziesalen Bewegung von Zoonosen verwendet werden und hat ein großes Potenzial, das Gesundheitssystem bei der schnellen Reaktion auf bekannte oder vorhergesagte neu auftretende mikrobielle Bedrohungen zu unterstützen." Sciencia58 (Diskussion) 14:38, 9. Mai 2020 (CEST)

Einleitung und Bearbeitungskommentar

WinfriedSchneider, mags du Spezial:Diff/201893843 begründen? Ein S ist übrigens nicht mehrsagender als gar kein Kommentar. (Ja zugegeben, rs oder gr benutze ich auch dann und wann und bilde mir ein, die Bedeutung oder jedenfalls der Sinn meiner Bearbeitung sei offensichtlich, auch ohne Verlinkung.) Üblicherweise behandeln Wikipediaartikel Gegenstände und nicht Bezeichnungen. Es gibt Ausnahmen, aber SARS-CoV scheint mir recht eindeutig, ein Name des Virus von 2002 zu sein. Mehrdeutigkeiten werden ja im Text erläutert, sie könnten auch in einem Begriffsklärungshinweis behandelt werden. --Diwas (Diskussion) 02:26, 16. Jul. 2020 (CEST)

Hallo Diwas, danke für die höfliche Ansprache, sie bringt mich ins Grübeln. Ziel war ein gehobenes Verb statt ‚sein‘. ‚S‘ bedeutet ‚Stil‘ gemäß H:ZQ#Abkürzungen, also mehr als nichts. (‚rs‘ finde ich da übrigens nicht, was bedeutet es?) Auch ich dachte, alles sei offensichtlich. Das echte statt des Hilfsverbs verweist außerdem, glaubte ich, manche Leser auf die Meta-Perspektive des ‚Bezeichners‘, der hier eine wissenschaftlich kreirte Abkürzung ist und nicht historisch gewachsen. Wer daran nicht denkt, dem bleibt die übrige Aussage unbenommen, dass das bezeichnete Virus behandelt wird. Selbstredend behandeln WP-Artikel ‚Gegenstände‘. Aber die abstrakte ‚Bezeichner‘-Ebene schwingt im Lexikon immanent immer mit als Lemma. – Nun stolperst Du darüber und verweist auf ‚Eindeutigkeit‘ oder ‚Mehrdeutigkeit‘. Spontan wollte ich zustimmen und schreiben: klar, ist eindeutig, um Mehrdeutigkeit ging’s nicht. Nun, nach Grübeln, muss ich differenzieren: Eindeutig scheint mir nur mehr die Bezeichnung; das bezeichnete Virus, was die Virologie also physisch untersucht, hat allem Anschein nach doch sehr fließende Grenzen. Die schnelle Mutation ist geradezu ein Merkmal und man wird festlegen, bis zu welcher Mutation man noch vom gleichen Virus ausgeht und ab wann von einen neuen. Keine Ahnung, ob es in der Botanik leichter fällt, Kiefern von Fichten und Tannen zu unterscheiden, aber das Prinzip ist ähnlich. Genannte Beispiele leiten übrigens ein ‚bilden eine Gattung‘. Beim Kölner Dom steht ‚ist‘ und ich käme nie auf die Idee, dort ‚bezeichnet‘ zu editieren. Auch die Abkürzung Arte ‚ist‘ etwas, weil sie etwas klar Umrissenes bezeichnet. Verstehtst Du? Je konkreter ein Gegenstand, desto unwichtiger die Bezeichner-Ebene. – Soweit meine kleine Abhandlung, zu der mich Dein Einwand brachte und zu der mich nun Deine Meinung interessiert. Solltest Du folgen können, würde mich das freuen. Solltest Du meinen Edit dennoch für zu irritierend halten, werde ich nicht an ihm festhalten. Im Zweifel könnten wir Dritte fragen. Freundliche Grüße von --WinfriedSchneider (Diskussion) 12:18, 16. Jul. 2020 (CEST) — PS: Was bedeutet nun ‚rs‘? — PPS: Extrembeispiel für Begriffs- und Sachebene im Verbund.

Danke für den Link zur Hilfeseite, ich wusste schon lange nicht mehr, dass es dort eine Abkürzungsliste gibt. Mit ‚rs‘ meinte ich Rechtschreibung, das hatte ich wohl mal aus vorgefundenen Kommentaren übernommen. Meist schreibe ich meine Bearbeitungskommentare aber ohnehin aus. Deine Argumentation ist vollumfänglich nachvollziehbar. Für mich steht dennoch das Virus im Mittelpunkt, nicht die Bezeichnung. Aber ich bestehe nicht auf einer Rückänderung. Diesbezüglich werden die Einleitungen ohnehin nicht einheitlich formuliert. Außerdem zeigt ja schon der Abschnitt ‚Etymologie‘ in vielen Artikeln, dass die Bezeichnung mitbehandelt wird. --Diwas (Diskussion) 20:05, 16. Jul. 2020 (CEST)

Danke für die Disk über die Abk. In der Regel nutze ich sie mit Klammerzusatz, in dem ich Näheres erläutere. Nehme mir vor, sie künftig auszuschreiben, wenn ich die Klammern ausnahmsweise weglasse. Ja, Abschitte zur ‚Etymologie‘ finde ich auch immer sehr spannend! Beim Beispiel Kölner Dom sah ich gerade, dass dort gar nichts zur Begriffsgeschichte steht! Dabei wäre die Frage sehr spannend, wann sich dessen Lemma-Begriff überhaupt als allgemein verstandener Bezeichner entwickelte und durchsetzte. Schönes WE, --WinfriedSchneider (Diskussion) 17:13, 18. Jul. 2020 (CEST)

SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie

Hallo, in diesem Diskussionsbeitrag geht es mir (Dirk123456) vor allem um die Möglichkeiten zur Darstellung der Beziehungen zwischen Ausdrücken (z. B. „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“) und den entsprechenden Bedeutungsinhalten (z. B. „Schwesterkladen“).   ↓zum Ende des Beitrags↓

Hintergrund:

Ein Coronavirus, das „SARS“ verursacht, wurde von der Wissenschaft „SARS-CoV“ genannt. Später wurde ein anderes Coronavirus, welches „COVID-19“ verursacht, mit dem Namen „SARS-CoV-2“ belegt. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV), welches sich mit der Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder „Spezies“) als kleinste Einheit (Taxon). In der Praxis muss man aber auch verschiedene Viren derselben Art auseinanderhalten und zielgerichtet adressieren können. Vor allem benötigt man eindeutige Namen, bevor die genauen Beziehungen zu anderen Viren bekannt sind.

Die Benennung „SARS-CoV-2“ wurde von der zuständigen Arbeitsgruppe für die Familie der Coronaviren vergeben: von der CSG, der „Coronaviridae Study Group of the ICTV“ (Gorbalenya et al., 2020; PMID 32123347). In dieser Arbeit (Ungefährer Titel in Deutsch: „Die Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: Klassifizierung des 2019-nCoV und seine Benennung als SARS-CoV-2“) wird der Ausdruck „species“ sehr oft, der Ausdruck „subspecies“ (also „Unterart“) aber gar nicht verwendet. Meist werden sowohl „SARS-CoV“ als auch „SARS-CoV-2“ einfach als „Virus“ bezeichnet. Auch der Ausdruck „SARS-CoVs“ für beides („SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“) wird verwendet.

Es ist naheliegend, nicht die Ausdrücke „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ als Paar zu verwenden, sondern „SARS-CoV-1“ und „SARS-CoV-2“; das wurde vor allem bei vergleichenden Untersuchungen so gemacht (z. B. van Doremalen et al. 2020; PMID 32182409 / Gordon et al., 2020; PMID 33060197). All die komplizierten Beziehungen lassen sich mit Fließtext noch einigermaßen darstellen, in Übersichten, wie z. B. WP:Taxoboxen und WP:Infoboxen ist das schwierig.

Die beiden Artikel, „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ weisen Infoboxen auf, in denen die Rubrik „Unterart:“ angewendet wurde, da die Vorlage:Infobox Virus den Parameter Subspezies aufweist, um Taxa unterhalb der „subspecies“, „Subspezies“ bzw. „Art“ zu notieren; die offizielle Virentaxonomie laut ICTV wendet aber keine Taxa unterhalb der „species“ an. In einem solchen Fall ließen sich Anmerkungen verwenden, um den Sachverhalt ergänzend zu kommentieren.

Es gibt mittlerweile in der Wikipedia zwei übliche Kennungen, um Referenzen als Anmerkungen kenntlich zu machen und von den Einzelnachweisen abzugrenzen: „Anm.“ und „A“. In Tabellenzellen dürfte die kürzere Variante (in dieser Weise^{[A 1]}) günstiger wirken als die längere Variante (in dieser Weise^{[Anm. 1]}).

Selbst wenn man sich dazu entschließen würde, auf die Infoboxen zu verzichten, könnten die Referenzen für Anmerkungen nützlich sein, um andere schwierige Erläuterungen aus dem Fließtext auszulagern (z. B. synonyme Verwendung von SARS-CoV und SARS-CoV-1).

Gegenwärtig:

In den beiden WP:Infoboxen der Artikel „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ gibt es gegenwärtig eine Zeile (bzw. Rubrik) „Unterart“ für die ingesamt vier Zitate angegeben werden. Die ungefähre gegenwärtige Normalansicht habe ich in der folgenden Tabelle nachgestellt:

Zeile „Unterart“ in den Infoboxen

Artikel „SARS-CoV“ | z. Z. (4.3.'21) oldid=209300463 vom 28.2.'21 | Titel der Infobox_Virus: „SARS-Coronavirus“ | Zeile „Unterart“: Unterart: severe acute respiratory syndrome coronavirus[3][4][5] Zitate in der Infobox_Virus – Nr. „3.“: Lau et al. (2005; PMID 16169905); Nr. „4.“: Hu et al. (2017; PMID 29190287); Nr. „5.“: Drexler et al. (2014; PMID 24184128)

Artikel „SARS-CoV-2“ | z. Z. (4.3.'21) oldid=209427612 vom 4.3.'21 | Titel der Infobox_Virus: „SARS-CoV-2“ | Zeile „Unterart“: Unterart: severe acute respiratory syndrome coronavirus 2[3] Zitat in der Infobox_Virus – Nr. „3.“: Gorbalenya et al. (2020; PMID 32123347; CSG – Coronaviridae Study Group of the ICTV)

Untersuchung von Zitaten – Suche nach guten Ausdrücken:

Ich habe die Texte der vier Zitate nach verschiedenen Zeichenketten durchsucht, vor allem nach „subspecies“. Keines der vier Zitate, die in den Wikipedia-Artikeln „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ in den Infoboxen in den Zeilen „Unterart:“ angewendet wurden, enthält – bezogen auf die Coronaviren – den entsprechenden englischen Schriftzug „subspecies“; der Begriff der Unterart bzw. „subspecies“ lässt sich nur bezogen auf Wirtstiere finden. Unterhalb des offiziellen taxonomischen Ranges „Species“ (bzw. unterhalb der Virusart) wendet das „Internationale Commitee für die Taxonomie der Viren“ (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses) keine taxonomischen Ränge an. Um dennoch phylogenetische Studien usw. betreiben zu können, werden andere Begriffe bemüht, z. B. Gruppe („group“), Klade („clade“) und Cluster.

In der Veröffentlichung, die sich mit der Frage beschäftigt, wie der Ausdruck und „SARS-CoV-2“ gegenüber anderen Ausdrücken, z. B. „SARS-CoV“ eingeordnet werden soll (CSG, Gorbalenya et al., 2020, 2. März; PMID 32123347), wird von „Schwesterkladen" gesprochen (im „Abstract“):

• „... Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG recognizes this virus as forming a sister clade to the prototype human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, and designates it as SARS-CoV-2. ...“
• Ungefähre Übersetzung: „... Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade in Bezug zu den Prototypen von Coronaviren mit schwerem akutem respiratorischem Syndrom (SARS-CoVs) beim Menschen und bei Fledertieren bildet, wobei die genannten Kladen zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehören, und bezeichnet es [das Virus] als SARS-CoV-2. ...“

Für die Frage, was „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ sein sollen, wenn es keine Unterarten sind, dürften also die Ausdrücke Klade und Schwesterklade halbwegs vernünftige Schlüsselwörter sein.

Ziele:

unmittelbar:

• Einfügen von Referenzen für Anmerkungen (group=A)
• Einfügen einer Anmerkung beim Parameter Subspezies (Infobox Virus)
• Einfügen eines Einzelnachweises (Gorbalenya et al., 2020; PMID 32123347) beim Parameter Subspezies (Infobox Virus)

ferner:

• Möglichkeit für weitere Anmerkungen, die den Fließtext ggf. entlasten können.

Textvorschlag für die Anmerkung:

In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ bzw. „SARS-CoV“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses), welches sich mit der offiziellen Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder die „Spezies“) als kleinste verwendbare Einheit (Taxon) für diese Einteilung. Die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae, CSG („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), bezeichnete die beiden Viren, „SARS-CoV“ (jenes Virus, das die Krankheit SARS hervorrufen kann) und „SARS-CoV-2“ (jenes Virus, das die Krankheit COVID-19 hervorrufen kann) als Kladen, als „Schwesterkladen“ („sister clades“) innerhalb derselben Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (Gorbalenya et al., 2020; PMID 32123347).

Plan:

Ich werde die drei oben genannten unmittelbaren Ziele gleichzeitig durch einen Edit umsetzen.   ↑zum Anfang des Beitrags↑

--Dirk123456 (Diskussion) 19:37, 4. Mär. 2021 (CET)

Umsetzung des Plans

Die drei unmittelbaren Ziele (#Dirk123456.2021-0304.g3e-s4j-r6e-w5i.004) des Plans unter der Überschrift „#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie“ wurden umgesetzt; allerdings mit zwei Edits (statt mit einem Edit, da anschließend Leerzeichen entfernt werden mussten).

• Vorversion: oldid=209300463 | erste Umsetzung des Plans: oldid=209455000 | Korrektur (Leerzeichen) und Ergebnis: oldid=209455357 | Vergleich (Vorversion―Ergebnis): diff=209455357&oldid=209300463

--Dirk123456 (Diskussion) 16:48, 5. Mär. 2021 (CET)

( Nachtrag zum Beitrag "Umsetzung des Plans" mit der Datumzeit "16:48, 5. Mär. 2021 (CET)": Korrektur fehlender Links. --Dirk123456 (Diskussion) 14:27, 6. Mär. 2021 (CET) )

Preprint und endgültige Veröffentlichung (PubMed-ID 32123347)

Hallo, die oben zitierte PubMed-ID, PMID 32123347, steht in Bezug zu einer Veröffentlichung, die verschiedene Stufen eines Veröffentlichungsvorgangs mit zwei DOI-Nummern (Digital Object Identifier) aufweist, nämlich:

• die erste (und einzige) Version eines sogenannten Preprints auf "bioRxiv": https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1;
• den Preprint als solchen, mit der Angabe der jeweils aktuellen Version: https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862;
• die gültige Online-Veröffentlichung im Fachjournal (Nature Microbiology): https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z | https://www.nature.com/articles/s41564-020-0695-z;
• die formale Angabe als Ausgabe ("Issue") in einem Band ("Volume") mit Seitenzahlen: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z | "Nat Microbiol 5, 536-544 (2020)." (oder auch "2020 Apr;5(4):536-544.").

Unter dem Strich gibt es zwei Werke, die ich versehentlich mehrdeutig weiter oben mit "Gorbalenya et al. (2020; PMID 32123347)" angegeben habe:

• hauptsächlich habe ich im ersten Diskussionbeitrag (siehe #Dirk123456.2021-0304.g3e-s4j-r6e-w5i) die tatsächliche Veröffentlichung (online) vom 2. März 2020 gemeint, die ich gelesen habe (DOI: 10.1038/s41564-020-0695-z);
• in einem Fall, nämlich in einer Tabelle innerhalb des Diskussionsbeitrags (siehe #Dirk123456.2021-0304.g3e-s4j-r6e-w5i.002), hätte ich den Preprint angeben müssen, der am 11. Februar 2020 "gepostet" wurde (DOI: 10.1101/2020.02.07.937862).

Der Preprint hat einen anderen Titel als die resultierende Veröffentlichung:

• Titel des Preprints: "Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses - a statement of the Coronavirus Study Group";
• Titel der Veröffentlichung (in Nature Microbiology): "The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2".

Sowohl im Artikel "SARS-CoV" als auch in "SARS-CoV-2" wurde der besagte Preprint bereits vor meinen Edits zitiert:

• Referenz für den Preprint, Wikitext: <ref name="CSG20190211">{{Literatur |Autor=Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M. Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L. M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr |Titel=Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses - a statement of the Coronavirus Study Group |Sammelwerk=[[bioRxiv]] |Band= |Datum=2020-02-11 |Seiten=1-20 |Sprache=en |ID={{BioRxiv|10.1101/2020.02.07.937862v1}} |DOI=10.1101/2020.02.07.937862}}</ref>.

Um sicherzugehen, dass ich meine gewollte Aussage zitiere ("Die Schwesterkladen sind eigentlich keine Unterarten") zitiere, habe ich für meine Edits eine neue Referenz eingefügt, die eindeutig auf die von mir gelesene Veröffentlichung zielt:

• Referenz für den die endgültige Veröffentlichung, Wikitext: <ref name="CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347">{{Literatur |Autor=Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses., Gorbalenya, A.E., Baker, S.C. ''et al.'' |Titel=The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2 |Sammelwerk=Nature Microbiology |Band=5 |Nummer=4 |Datum=2020-04 |ISSN=2058-5276 |DOI=10.1038/s41564-020-0695-z |PMC=7095448 |PMID=32123347 |Seiten=536-544 |Online=http://www.nature.com/articles/s41564-020-0695-z}}</ref>.

Im Ergebnis (oldid=209455357) wurden sowohl der Preprint als auch die endgültige Veröffentlichung an verschiedenen Stellen zitiert.

--Dirk123456 (Diskussion) 18:11, 5. Mär. 2021 (CET)

( Nachtrag zum Beitrag "Preprint und endgültige Veröffentlichung (PubMed-ID 32123347)" mit der Datumzeit "18:11, 5. Mär. 2021 (CET)": Korrektur von Link-Zielen und "Lesezeichen" nach "siehe". --Dirk123456 (Diskussion) 14:49, 6. Mär. 2021 (CET) )

SARS-CoV, Quelle zum Bild ohne PHIL 6400

Hallo, der Schriftzug „PHIL 6400“ innerhalb der Infobox wirkt wie eine spezielle Stammbezeichnung, ist aber wohl eine laufende Nummer eines Bildes innerhalb einer Galerie oder Datenbank und sollte deshalb entfernt werden.  ↓Zum Ende des Beitrags↓  

In der „Infobox Virus“ wird gegenwärtig (1.4.’21) ein Bild angezeigt, dessen Bildunterschrift den Text „SARS-CoV PHIL 6400“ aufweist (Artikelversion: oldid=209535707). Der Schriftzug „PHIL 6400“ befindet sich seit Juni 2017 in der Infobox, bzw. im Artikel (diff=prev&oldid=166477224 – 17.6.’17). Auf der Seite zum Bild, gegenwärtig (1.4.’21) File:SARS_CoV.jpg&oldid=404503622, wird eine Quelle angegeben: article?id=10.1371/journal.pmed.0030043 in welcher das identische Bild zu finden ist. Die beiden Zeichenketten „PHIL“ und/ oder „6400“ kommen in dieser Arbeit von Novotny et al. (2006; doi: [6]) mit dem Titel „Bioethical Implications of Globalization: An International Consortium Project of the European Commission“ nicht vor; das besagte Bild hat dort die Abbildungsunterschrift:

• Figure 2. Scanning Electron Micrograph Showing the “Rosettelike” Appearance of the Matured SARS-CoV (Coronavirus) Particles (Arrows)
• This scanning electron micrograph emphasizes the form and structure of the virus particle, or virion, made visible with negative staining (inset) under transmission electron microscopy. Short and stubby spikes are visible on the virus surface.
• (Photo: CDC/Mary Ng Mah Lee, National University of Singapore, Singapore)
• https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0030043.g002

Übersetzt etwa:

• Abbildung 2. Rasterelektronenmikroskopische Aufnahme des „rosettartigen“ Aussehens der gereiften SARS-CoV-Partikel („Coronavirus-Partikel“) (Pfeile)
• Diese rasterelektronenmikroskopische Aufnahme betont die Form und Struktur des Viruspartikels bzw. Virions, das vermittels negativer Anfärbung (Einlagerung) durch Transmissionselektronenmikroskopie sichtbar gemacht wurde. Auf der Virusoberfläche sind kurze und stumpfe Stacheln (Spikes) sichtbar.
• (Foto: CDC / Mary Ng Mah Lee, Nationale Universität von Singapur, Singapur)

Der Schriftzug „PHIL 6400“ basiert vermutlich auf dem Kommentar:

• „Scanning electron micrograph of SARS-Associated coronavirus CDC PHIL #6400“,

welcher beim Hochladen des Bildes auf die Wikimedia Commons appliziert wurde. Die Angabe „SARS-CoV PHIL 6400“ wirkt wie eine spezielle Stammbezeichnung, die es aber vermutlich nicht ist. Vielmehr scheint „CDC PHIL #6400“ eine laufende Nummer innerhalb einer Galerie bzw. Datenbank des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) zu sein.

Meine zusätzliche Suche mit „PHIL 6400“ mit Google und beim NCBI ergab jedenfalls keine relevanten Treffer.

Daher werde ich entsprechenden Text in der Infobox durch einen anderen Ersetzten ersetzten.

|  ↑Zum Anfang des Beitrags↑  |  ↑Zur Überschrift↑  |

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 13:35, 1. Apr. 2021 (CEST)

Umsetzung:

Vergleich (Vorher – Nachher): title=SARS-CoV&diff=210440591&oldid=209535707. --Dirk123456 (Diskussion) 14:16, 1. Apr. 2021 (CEST)

Zwei Referenzen zusammenfassen, Hu-etal2017

Hallo, im Artikel „SARS-CoV“ werden gegenwärtig (oldid=210478575 – 2.4.2021 ) zwei Referenzen angewendet, die sich stark ähneln und zusammengefasst werden könnten.  ↓Zum Ende des Beitrags↓  

Es handelt sich um diese beiden Referenzen, die in der gegenwärtigen Version (oldid=210478575) die Nummern 6 und 10 haben:

• Referenz Nr. 6; Benennung "10.1371/journal.ppat.1006698"; Wikitext: <ref name="10.1371/journal.ppat.1006698">{{Literatur |Autor=Ben Hu, Lei-Ping Zeng, Xing-Lou Yang, Xing-Yi Ge, Wei Zhang, Bei Li, Jia-Zheng Xie, Xu-Rui Shen, Yun-Zhi Zhang, Ning Wang, Dong-Sheng Luo, Xiao-Shuang Zheng, Mei-Niang Wang, Peter Daszak, Lin-Fa Wang, Jie Cui, Zheng-Li Shi |Titel=Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus |Hrsg=Christian Drosten |Sammelwerk=[http://journals.plos.org/ PLOS] |Datum=2017-11-30 |Sprache=en |Fundstelle=Zweiter Satz |DOI=10.1371/journal.ppat.1006698 |Zitat=SARS coronavirus (SARS-CoV)}}</ref>;
• Referenz Nr. 10; Benennung "Hu2017"; Wikitext: <ref name="Hu2017">Ben Hu, Lei-Ping Zeng, Xing-Lou Yang, Xing-Yi Ge, Wei Zhang, Bei Li, Jia-Zheng Xie, Xu-Rui Shen, Yun-Zhi Zhang, Ning Wang, Dong-Sheng Luo, Xiao-Shuang Zheng, Mei-Niang Wang, Peter Daszak, Lin-Fa Wang, Jie Cui, Zheng-Li Shi; Christian Drosten (Hrsg.): [https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698 Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus], in: PLOS Pathogens vom 30. November 2017, [[doi:10.1371/journal.ppat.1006698]]</ref>.

Beide Referenzen beziehen sich auf die gleiche DOI-Nummer (Hu et al., 2017; doi:10.1371/journal.ppat.1006698). Der größte Unterschied besteht darin, dass im ersten Fall eine Fundstelle angegeben wird (Referenz Nr. 6; Benennung "10.1371/journal.ppat.1006698") und im zweiten Fall nicht (Referenz Nr. 10; Benennung "Hu2017").

Als Fundstelle wird „Zweiter Satz“ angegeben, was sich vermutlich auf den „Abstract“ bezieht:

• Erster Satz: „A large number of SARS-related coronaviruses (SARSr-CoV) have been detected in horseshoe bats since 2005 in different areas of China.“
• Zweiter Satz: „However, these bat SARSr-CoVs show sequence differences from SARS coronavirus (SARS-CoV) in different genes (S, ORF8, ORF3, etc) and are considered unlikely to represent the direct progenitor of SARS-CoV.“

In der ungefähren Übersetzung bedeutet das Folgendes:

• Erster Satz in Deutsch: „Eine große Anzahl von SARS-verwandten Coronaviren (SARSr-CoV) wurde seit 2005 in Hufeisenfledermäusen in verschiedenen Gebieten Chinas nachgewiesen.“
• Zweiter Satz in Deutsch: „Diese Fledermaus-SARSr-CoVs zeigen jedoch Sequenzunterschiede zum SARS-Coronavirus (SARS-CoV) in verschiedenen Genen (S, ORF8, ORF3 usw.) und es wird als unwahrscheinlich angesehen, dass sie den direkten Vorläufer von SARS-CoV darstellen.“

Es gibt im Artikel (oldid=210478575) sechs Stellen, an denen die beiden Referenzen angewendet werden; vier Stellen mit der Fundstelle-Angabe „Zweiter Satz“ (Referenz Nr. 6, a bis d; ref name="10.1371/journal.ppat.1006698") und zwei Stellen ohne Fundstellen-Angabe (Referenz Nr. 10., a und b; ref name="Hu2017").

Da das ganze Werk sich auch dort zitieren lassen würde, wo explizit die Fundstelle „Zweiter Satz“ angegeben wurde, anders herum aber diese Fundstelle nicht überall zutrifft, wo das ganze Werk zitiert wurde, habe ich die Stellen gelistet. Die sechs Stellen mit entsprechenden Referenzen befinden sich innerhalb der „Infobox Virus“, der Einleitung und des Abschnitts „Herkunft“:

• erste Stelle, 6.(a): Infobox Virus → Systematik → „Unterart: severe acute respiratory syndrome coronavirus[A 1][4][5][6][7]“;
• zweite Stelle, 6.(b): Infobox Virus → Kurzbezeichnung → „SARS-CoV[5][6]“;
• dritte und vierte Stelle, 6.(c) und 6.(d): Einleitung → „SARS-CoV[5][6] (englisch severe acute respiratory syndrome coronavirus,[5][6][7] SARS-Coronavirus,[8] früher auch SCV[9]) bezeichnet den Verursacher des schweren akuten Atemwegssyndroms (SARS).“;
• fünfte Stelle, 10.(a): Einleitung → „Das Virus gehört zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-assoziiertes Coronavirus, SARSr-CoV) in der Untergattung Sarbecovirus in der Gattung Betacoronavirus.[10]“;
• sechste Stelle, 10.(b): Herkunft → „Die Ergebnisse legten nahe, dass der bis dato dem SARS-CoV am nächsten stehende Vorläufer, das WIV16, eine Rekombinante aus drei Viren der Spezies SARS-assoziiertes Coronavirus (SARSr-CoV) ist (siehe Reassortment), die in Fledermäusen dieser Höhle vorkommen (WIV1, Rs4231 und Rs4081).[10]“.

Die ersten vier Stellen weisen keinen besonderen Bezug zur Fundstelle „Zweiter Satz“ auf, wenngleich diese Fundstelle explizit angegeben wird (Referenz Nr. 6; Benennung "10.1371/journal.ppat.1006698"). Bei den letzten beiden Stellen wird ohnehin auf die Angabe einer Fundstelle verzichtet (Referenz Nr. 10., a und b; ref name="Hu2017").

Schlussfolgerung: Ich werde eine Referenz für alle sechs Stellen anwenden, die sich auf das gesamte Werk bezieht: ref name="Hu-etal2017".

|  ↑Zum Anfang des Beitrags↑  |  ↑Zur Überschrift↑  |

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 20:11, 3. Apr. 2021 (CEST)

SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung

Hallo, in diesem Diskussionsbeitrag geht es mir (Dirk123456) vor allem um die Darstellung des alternativen Ausdrucks „SARS-CoV-1“ und die Einordnung von „SARS-CoV“ bzw. „SARS-CoV-1“. Navigation im Beitrag:

• |  ↓Hauptziele↓  |  ↓Hintergrund↓  |  ↓Was ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“?↓  |  ↓Vermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox↓  |  ↓Einführung von SARS-CoV-1↓  |  ↓Plan↓  |  ↓Weitere Maßnahmen↓  |

Hauptziele

Einordnung

• Vermeidung des Begriffs der „Unterart“ oder „subspecies“, den es in der Virentaxonomie nicht gibt und den ich in keiner wissenschaftlichen Publikation finden konnte.
• Einführung des Begriffs „Klade“, der laut Coronaviridae Study Group of the ICTV (2020; doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) den Gruppen „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ entspricht („Schwesterkladen“)

Benennung

• Erwähnung des häufig verwendeten, alternativen Ausdrucks „SARS-CoV-1“ am Anfang der Einleitung und
• genaue Erläuterung der Herkunft im Abschnitt unterhalb der Einleitung.

Hintergrund

Ein Coronavirus, das „SARS“ verursacht, wurde von der Wissenschaft „SARS-CoV“ genannt. Später wurde ein anderes Coronavirus mit dem Namen „SARS-CoV-2“ belegt. Daraufhin wurde dem „SARS-CoV“ ein zusätzlicher, praktikablerer Name gegeben: „SARS-CoV-1“.

Im Artikel SARS-CoV ist prinzipell alles Notwendige zu „SARS-CoV-1“ enthalten. Allerdings gibt es eingangs eine Aufzählung von Synonymen, z. B. „früher auch SCV“, wobei „SARS-CoV-1“ in dieser Aufzählung noch nicht auftaucht. Da die Verwendung des neuen Ausdrucks „SARS-CoV-1“ mittlerweise etabliert ist, sollte dieser synonym genutzte Ausdruck vielleicht „mehr nach vorn“ und der Artikel SARS-CoV sollte die „zentrale Anlaufstelle“ zu Fragen um „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-1“ bilden.

Die Einordnung von „SARS-CoV“ bzw. „SARS-CoV-1“ ist schwierig. Es ist kein einzelner Stamm, wie das in der englischen Wikipedia (oldid=1013390944) und durch WikiData (oldid=1385090943) suggeriert wird, sondern es gibt mehrere Stämme (z. B. „Tor2“ und „PC4-227“). Es ist keine Unterart, weil in der Virentaxonomie (aus gutem Grund) unterhalb der Art keine festen Ränge zugeordnet werden. In der „Vorlage:Infobox Virus“ (oldid=210116141), die gegenwärtig als Infobox im Artikel SARS-CoV (oldid=210580116) angewendet wird, gibt es aber den Parameter „Subspezies“ (bzw. in der resultierenden Infobox die Rubrik „Unterart“), der dennoch angewendet wurde.

Ich habe bereits versucht, dieses Problem mit der „Unterart“ in der Infobox „zu umschiffen“, indem ich dort eine Anmerkung angebracht habe, die darauf hinweisen sollte, dass SARS-CoV eigentlich keine „Unterart“, sondern eine „Klade“ ist (das wurde dokumentiert – Diskussion: oldid=209511424#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie; Versionsvergleich: diff=209455357&oldid=209300463). Das ändert aber nichts daran, dass weder SARS-CoV, noch SARS-CoV-2 „Unterarten“ sind, weil weder die Virusart (oder besser „species“: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), noch jede andere Virusart in „subspecies“, „Subspezies“, „Unterarten“ oder ähnliches gegliedert wird; der Begriff sollte vermieden werden.

Was ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“?

Die Coronaviridae Study Group of the ICTV – CSG (2020; doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) vergleicht die Verhältnisse bei den Viren in Abbildung 1 (Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.) mit den Verhältnissen bei der Säugetierart Homo sapiens, bei der es unterhalb der Art ebenfalls nur Individuen gibt und keine weiteren taxonomischen Ränge (wie bspw. Unterarten). Die Namen von Individuen können etwas mit der Herkunft zu tun haben, müssen aber nicht. Die CSG gibt keinen besonders praktikablen Ratschlag, wie man die Kategorie nennen soll, in der die beiden Gruppen von Stämmen oder Isolaten (Gruppe zu „SARS-CoV“ und Gruppe zu „SARS-CoV-2“) angesiedelt sind. Die CSG macht Vorschläge zu genauen Benennung eines Isolates oder Stammes („isolate or strain number“); Übersetzung:

• „Die vorgeschlagene Namenskonvention enthält einen Verweis auf den Wirtsorganismus, aus dem das Virus isoliert wurde, den Ort der Isolierung (geografischer Ort), eine Isolat- oder Stammnummer und den Zeitpunkt der Isolierung (Jahr oder detaillierter) im Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum; z. B. SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019. Diese vollständige Bezeichnung sollte zusammen mit zusätzlichen und wichtigen Merkmalen wie dem pathogenen Potenzial beim Menschen oder anderen Wirten in die Übermittlung jeder Isolat-Genomsequenz an öffentliche Datenbanken wie die GenBank einbezogen werden. In Veröffentlichungen könnte dieser Name mit einer Sequenzdatenbank-ID erweitert werden, z. B. SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019_XYZ12345 (fiktives Beispiel), wenn dies erstmals im Text erwähnt wird.“

Beim künftig empfohlenen „Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum“ („format virus/host/location/isolate/date“) lassen sich Wirt, Ort und Datum vermutlich leicht bestimmen, für das Isolat lässt sich eine Bezeichnung bzw. Stammnummer festlegen, aber was genau ist „das Virus“?

In Abbildung 2 (Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.) gibt es phylogenetische Grafiken, in denen die Positionen „SARS-CoV“, „SARS-CoV-2“ und „MERS-CoV“ dunkelrot hervorgehoben wurden, also jene Coronaviren, die schwere Atemwegserkrankungen hervorrufen. Andere Positionen, z. B. „SARS-CoV PC4–227“ und „AY351680.1“, sind nicht hervorgehoben. Die beiden letztgenannten Positionen sind in einer phylogenetischen Grafik direkt zum dunkelroten „SARS-CoV“ benachbart:

• „SARS-CoV PC4–227“ bezieht sich auf ein Virusisolat, das in der Sequenzdatenbank GenBank die Zugriffsnummer AY613950.1 hat und dort „SARS coronavirus PC4-227“ heißt. Dem Eintrag wurde die Publikation Song et al. (2005; PMID 15695582) zugeordnet. Der Wirt ist eine Schleichkatze („palm civet“, vermutlich Paguma larvata).
• „AY351680.1“ ist eine Zugriffsnummer für ein Virus in GenBank, das dort „SARS coronavirus ZMY 1“ genannt wird. Dem Eintrag wurde keine separate Publikation zugeordnet (Zeng et al., 2003; direkt übermittelt – AY351680.1). Der Wirt ist vermutlich der Mensch (Homo sapiens), da als Sequenz-Übermittler das Zentrallabor eines Krankenhauses in Guangzhou (Guangdong, China) angegeben wurde.

Für die dunkelrot hervorgehobene Position „SARS-CoV“ wird in der Abbildungsunterschrift die GenBank-Zugriffsnummer AY274119.3 angegeben; dort heißt das Virus „SARS coronavirus Tor2“. Dem Eintrag wurde die Publikation He et al. (2004; PMID 15020242) zugeordnet. Der Wirt ist der Mensch (Homo sapiens); die Bezeichnung des Isolats, „Tor2“, bezieht sich auf den Patienten Nr. 2 in Toronto (Ontario, Kanada).

Das Isolat würde nach der vorgeschlagenen Namenskonvention also vermutlich „SARS-CoV/human/Toronto/Tor2/2003“ oder „SARS-CoV/human/Toronto/Tor2/2003_AY274119“ heißen.

In der Diskussion habe ich im Thread „SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie“ (oldid=209511424#...omie) beim Lesezeichen „Untersuchung von Zitaten – Suche nach guten Ausdrücken“ (oldid=209511424#...003) bereits eine Übersetzung für den Satz mit den Schwesterkladen angeboten. Dort hatte ich als Erstes „to the prototype“ in als Mehrzahl-Form übersetzt; im Folgenden wird als Zweites auch eine Übersetzung in der Einzahl-Form angegeben:

• Originaler Text (im „Abstract“, doi: 10.1038/s41564-020-0695-z):  ―  „... Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG recognizes this virus as forming a sister clade to the prototype human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, and designates it as SARS-CoV-2. ...“

• Erste ungefähre Übersetzung, Mehrzahl-Form (die Prototypen):  ―  „... Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade in Bezug zu den Prototypen von Coronaviren mit schwerem akutem respiratorischem Syndrom (SARS-CoVs) beim Menschen und bei Fledertieren bildet, wobei die genannten Kladen zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehören, und bezeichnet es [das Virus] als SARS-CoV-2. ...“
• Zweite ungefähre Übersetzung, Einzahl-Form (der Prototyp):  ―  »... Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade zum Prototyp „human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses“ (SARS-CoVs) der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus bildet und bezeichnet es als SARS-CoV-2.«  ―  Der Prototyp hieße übersetzt in etwa: „Coronaviren des schweren akuten respiratorischen Syndroms beim Menschen und bei Fledermäusen“.

Die erste Übersetzung ist aus meiner Sicht leichter zu lesen, die zweite ist dichter am Original. Die erste Übersetzung liest sich eher so, als wenn zu mehreren Kladen („zu mehreren Schwestern“) eine neue Schwesterklade hinzu käme, die zweite Übersetzung liest sich eher so, als wenn zu nur einer Klade eine zweite hinzu käme. Warum der Prototyp nur Menschen und Fledermäuse als Wirte einbezieht, aber keine Schleichkatzen, lässt sich auch nicht ohne Weiteres erkennen.

Das Problem scheint zu sein, dass medizinische Aspekte und phylogenetische Aspekte die Benennung beeinflussen; ein Virus interessiert sich aber nicht dafür, mit wem es verwandt ist, wenn es jemanden krank macht. Im Kasten 1 (Box 1 Virus discovery and naming: from disease-based to phenotype-free; in doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) gibt es ein Schema, dass dieses Dilemma darstellt:

• die WHO hatte zwei Seuchen benannt (oder deren Benennung bestätigt), nämlich SARS und MERS, und
• die Arbeitsgruppe „ICTV-CSG“ hatte zwei Seuchen-verursachende Viren benannt, nämlich SARS-CoV und MERS-CoV.  ―  Anmerkung zu „ICTV-CSG“: so heißt die Arbeitsgruppe, also die „Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“, in der schematischen Abbildung.

Im Jahr 2019 kam dann eine dritte Seuche dazu, die von der WHO als COVID-19 bezeichnet wurde. Die ersten beiden Seuchen wurden von zwei Coronaviren ausgelöst, die unterschiedlichen Virusarten angehören; die dritte Seuche wurde von einem Virus ausgelöst, dass der gleichen Virusart angehört, wie jenes Virus der ersten Seuche. Das Muster:

• „X Y Respiratory Syndrome → XYRS → XYRS-CoV“ funktionierte nicht mehr.

Was ist „SARS-CoV“ heute? Es ist vermutlich nur ein Kompromis, der „auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis basiert“ (siehe oben: „... Based on phylogeny, taxonomy and established practice, ...“).

Es kommt noch dazu, dass Stämme, die „SARS-CoV“ ähneln, aber unmittelbar kein SARS beim Menschen verursachen, manchmal das Präfix „SARS-CoV“ tragen und manchmal nicht. Die verschiedenen Formen von „SARS-Coronavirus“, „dem SARS-Coronavirus ähnliches Virus“, „zu SARS gehöriges Coronavirus“, die sich in Benennung wiederfanden und wiederfinden, machen es auch nicht einfacher.

Vermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox

Eine (nicht ganz ernst gemeinte) Definition dieser Art wäre nicht hilfreich:

•   (‑;  SARS-CoV ist alles, was zur Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört und nicht irgendwie anders heißt. Besonders gar nicht SARS-CoV ist das, was SARS-CoV-2 ist. Wenn irgendetwas SARS-CoV nicht besonders ähnlich erscheint, muss man ein bisschen gucken. Je nach dem, was gerade wichtig ist, macht man die Benennung an einer Krankheit oder an einem Stamm fest, von der oder dem man meint, dass sie oder er das Zentrum des Begriffs „SARS-CoV“ wären. Wenn gar nichts hilft, ist „etablierte Praxis“ das Schlüsselwort. Bei Schleichkatzen hat sich „SARS-CoV“ eingeschlichen, Fledermäuse sind Wirte von „SARS-CoVs“. Niemals nicht sollte man „SARS-CoV-1“ verwenden, denn das ist keine „etablierte Praxis“. Da man einen solchen Ausdruck vor SARS-CoV-2 nicht gebraucht hat, braucht man ihn auch jetzt nicht.  ;‑)  

Eine einfache und klar formulierte Definition ist in der Wikipedia deshalb schwer niederzuschreiben, weil es außerhalb der Wikipedia niemand getan hat.

Das einzige, was man wirklich sehr einfach belegen kann, ist, dass es keine Unterarten in der Virentaxonomie gibt:

• https://talk.ictvonline.org/information/w/faq/386/how-to-write-virus-species-and-other-taxa-names
  • Hier geht die Einordnung von „realm“ als höchstes Taxon bis zu „species“ als kleinstes Taxon. Das nächstkleinere Taxon wäre „subspecies“ – wenn es das gäbe. Weder diese, noch ein anderer Ausdruck für ein Taxon unterhalb der Art ist im Text zu finden.
• https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312
  • Hier lässt sich die Excel-Datei „VMR 010820 MSL35.xlsx“ herunterladen, die zwei Arbeitsblätter enthält: „VMRb35 010820 MSL35“ und „Column definitions“. Das erste Blatt („VMRb35 010820 MSL35“) enthält die konkreten Daten zu den einzelnen Viren, das zweite („Column definitions“) die Legende. Für die Spalte „Q“ bzw. „Species“ im eigentlichen Arbeitsblatt („VMRb35 010820 MSL35“) steht in der Legende („Column definitions“) unter „Definition“ Folgendes:  ―  „A 'species' is the lowest taxonomic rank in the hierarchy approved by the ICTV. While subspecies levels of classification may exist for some viruses, the ICTV is not currently responsible for the classification of viruses below the species level.“

Übersetzung der letzten Sätze:  ―  „Eine 'species' ist der niedrigste taxonomische Rang in der vom ICTV genehmigten Hierarchie. Während für einige Viren Klassifizierungsstufen auf Ebene von 'subspecies' existieren können, ist das ICTV derzeit nicht für die Klassifizierung von Viren unterhalb der Artenstufe verantwortlich.“

Fakt ist, dass das ICTV sich mit der Klassifizierung von Viren unterhalb der Stufe von einer „species“, nämlich Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, beschäftigt hat (CSG, 2020; doi: 10.1038/s41564-020-0695-z), nicht aber mit der Definition eines Taxons unterhalb der Artenstufe, also unterhalb von „species“. Das „classifying“ im Titel:

• „The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2“

bezieht sich lediglich auf Verzweigungen in Kladen, die Untersuchungen zu Ähnlichkeiten abbilden, nicht aber auf Taxa, die verbindliche Rangstufen haben würden (also z. B. „subspecies“).

Da die Verhältnisse ausreichend kompliziert sind, kann man sie im Artikel SARS-CoV weder in der Einleitung, noch in der Infobox am Anfang gleichzeitig richtig und übersichtlich darstellen. Gerade eine Infobox bietet wenig Raum für die Darstellung komplexer Zusammenhänge.

Da die Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus ein Taxon ist, kann man die „Infobox Virus“ im Artikel sinnvoll anwenden. Die Ausdrücke „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-2“ beziehen sich auf Bedeutungsinhalte, denen keine sinnvolle Rubrik zugeordnet werden kann, die sich für die Infobox eignen würde. Weder das bisher nicht gültige Taxon „Unterart“ (gegenwärtig anwendet: Vorlage:Infobox Virus – Version vom 23.3.'21 – oldid=210116141; Einbindung im Artikel mit dem Titel „SARS-CoV“ – Version vom 5.4.'21 – oldid=210580116), noch ein einzelner „Stamm“ (in der engl. Wikipedia angewendet) sind wirklich zutreffend. Einzelne wissenschaftliche Publikationen liefern keinen punktgenauen Beleg für eine eindeutige Rubrik. Die Begriffe „Klade“ und „Schwesterklade“ phylogenetische „Arbeitsbegriffe“, aber keine verbindlichen taxonomischen Einheiten.

Einführung von SARS-CoV-1

So wie es keinen punktgenauen Beleg für einen eindeutigen Namen einer Rubrik für „SARS-CoV“ gibt, gibt es auch keinen einzelnen Beleg für die alternative Verwendung des Ausdrucks „SARS-CoV-1“. Auch hier werden ausführliche Erläuterungen benötigt, die in der Einleitung oder in einer Infobox kaum angebracht werden können.

Der Ausdruck „SARS-CoV-1“ wird vor allem verwendet, wenn es um den Vergleich mit „SARS-CoV-2“ geht (z. B. van Doremalen et al., 2020; PMID 32182409)

Plan

Grundsätzlicher Plan

Der Artikel wird in vier Textbereiche gegliedert: die Infobox, die Einleitung, den folgenden Abschnitt für ausführliche Erklärungen (momentan „Name“) und den vorerst unbetroffenen Text.

Die Infobox wird durch eine Abbildung ersetzt (die gegenwärtig in der Infobox enthalten ist). Sämtliche Information, die in Infobox enthalten sind und „SARS-CoV“ direkt betreffen, sollen in die Einleitung, in den erklärenden Abschnitt und ggf. in Anmerkungen ausgelagert werden. Informationen, die die gesamte Art betreffen, sollen künfig über die Verknüpfung auf eben diese Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, in der Einleitung erreichbar sein. Das betrifft vor allem die „Leiter der Taxa“, die auf der Virusart fußt und nicht weiter herunter reicht.

Sämtliche Einzelnachweise, die bisher in der Infobox, in der Einleitung und im erklärenden Abschnitt (momentan „Name“) aufgetaucht, sollen anschließend in den entsprechenden Bereichen, in der Abbildung, in der Einleitung und im erklärenden Abschnitt wieder auftauchen.

Es soll mehr erklärenden Text geben, der aber nicht in der Einleitung stehen soll. Daher wird mit Anmerkungen und Verweisen auf den erklärenden Abschnitt gearbeitet.

Bereits erledigte Vorbereitungen

• Anmerkungen als Referenztyp eingefügt (group="A").
• Einzelnachweise und Anmerkungen in den betroffenden Textbereichen mit „name“-Attributen ausgestattet.

Konkreter Plan

• Umbenennung des Abschnitts „Name“ nach „Einordnung und Benennung“.
• Einfügung von Planungskommentaren mit drei Textbereichen (Status: in Vorbereitung.).
• Austauch des Wikitextes zwischen den Planungskommentaren (Status: umgesetzt.).

Weitere Maßnahmen

Wahrscheinlich sind mein Plan und die folgende Umsetzung nicht so ausreift, dass alles ohne Nachbesserungen funktioniert. Ich werde die Umsetzung unterhalb des Beitrag dokumentieren.

• |  ↑Zum Anfang des Beitrags↑  |  ↑Zur Überschrift↑  |

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 18:13, 9. Apr. 2021 (CEST)

Umsetzung

Der Plan (#Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k.006 ↑) laut des obigen Beitrags (#Dirk123456.2021-0409.d8a-i2k ↑) unter „#SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung“↑ wurde am 9. April 2021 umgesetzt.

Beteiligte Versionen zu Artikel „SARS-CoV“:

• Vorversion: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=210580116
• Neuer Überschriften-Name: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=210748728
• Planungskommentare eingefügt: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=210749218
• Planungskommentare umgesetzt: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=210749587
• Ergebnis, Planungskommentare entfernt: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=210749876

Vergleich von Versionen:

• Vergleich der beiden Versionen mit Planungskommentaren: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&type=revision&diff=210749587&oldid=210749218
• Vergleich, Vorversion―Ergebnis: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&type=revision&diff=210749876&oldid=210580116

--Dirk123456 (Diskussion) 10:46, 10. Apr. 2021 (CEST)

Belege, Themenabfolge, Abschn. Übertragung

Hallo, in diesen Beitrag geht es mir vor allem darum, mehr Belege für den Abschnitt Übertragung im Artikel SARS-CoV anzubringen.

| Zum Ende des Beitrags↓ |

Gegenwärtig (oldid=210919349) steht dort Folgendes:

• SARS-CoV-1 ist ursprünglich eine Zoonose, wird aber ab Beginn der Erkrankung von Mensch zu Mensch übertragen. Im Unterschied hierzu ist SARS-CoV-2 schon in der Inkubationszeit hochansteckend. SARS-CoV-1 befällt sofort die Lunge, die Viruslast aus dem Rachen ist vergleichsweise gering.[ref name="Presse-zu_Woelfel-etal2020-Nature"] Daher war es eher möglich, die SARS-CoV-1-Pandemie unter Kontrolle zu bringen und zu beenden. Das Virus wird vorwiegend durch Tröpfcheninfektion übertragen. Es gelangt beim Menschen über den ACE2-Rezeptor in die Zellen.[ref name="Li-etal2003_PMID14647384"]. Studien im Gefolge der SARS-Pandemie ergaben, dass die meisten infizierten Personen relativ wenige Kontakte infizierten, während es durch manche Personen zu einem Superspreading kam.[ref name="Shen-etal2011_PMID15030693"][ref name="Stein-2011_PMID21737332"]
• In einer Studie zu einem Flug mit 112 Passagieren wurden 16 Erkrankungen dokumentiert, welche infolge eines bereits erkrankten Passagiers entstanden. Dabei wurde eine Häufung der Ansteckungen bis zu 3 Reihen vor dem Indexpatienten, in einem Abstand bis zu 2,30 m, festgestellt.[ref name="Olsen-etal2003_PMID14681507"]

Der Text ist sehr kompakt. Die gegenwärtige Darstellung liest sich für mich so, als würde man eine SARS-CoV-1-Infektion nur von infizierten Tieren bekommen können und diese Infektion erst dann von Mensch zu Mensch weitergeben können, wenn man erkrankt wäre, während eine SARS-CoV-2-Infektion nicht auf einer Zoonose basieren würde und deshalb bereits ohne Symptome beim Übertragenden weiter gegeben werden könne.

Wahrscheinlich sollte zum Ausdruck kommen, dass die effektive Übertragung von Mensch zu Mensch eine evolutionäre Anpassung eines Virus‘ erfordert hätte: vor dieser evolutionäre Anpassung wäre dieses Virus besser an eine Tierart als Wirt angepasst gepasst gewesen, als dass es an den Menschen als Wirt angepasst gewesen wäre. Dann müsste es zu einer Mutation oder zu mehreren Mutationen gekommen sein, die aus einem Vorgänger (der also eine Zoonose verursacht hätte) das eigentliche, humanpathogene SARS-CoV-1 gemacht hat. Die Formulierung im Abschnitt „ab Beginn der Erkrankung“ wäre dann eher als „ab Beginn der Epidemie“ gemeint worden, als dass hier von den ersten Symptomen der SARS-Erkrankung bei einer einzelnen Patientin (oder einem einzelnen Patienten) die Rede wäre.

Wie dem auch sei, der Einzelnachweis, welcher zum Vergleich von SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2 angegeben wurde (Nr. 29; name="Presse-zu_Woelfel-etal2020-Nature", Pressemitteilung, Charité Universitätsmedizin Berlin: [7]), beschäftigt sich in erster Linie mit SARS-CoV-2, weniger mit SARS-CoV-1.

Wenn man jetzt beides liest, den Abschnitt „Übertragung“ und die Pressemitteilung (Nr. 29; name="Presse-zu_Woelfel-etal2020-Nature"), dann wirkt es so, als wenn das humanpathogene SARS-CoV-2 aus einem humanpathogenen Vorgänger hervorgegangen wäre. Prof. Drosten erklärte für die Pressemitteilung Folgendes:

• „Unsere Untersuchungen der Münchner Fallgruppe haben stattdessen gezeigt, dass sich das neue SARS-Coronavirus von dem alten in Bezug auf das befallene Gewebe stark unterscheidet“;

Das Wort „stattdessen“ bezieht sich laut Pressemitteilung darauf, dass die Forschungsgruppe zunächst davon ausgegangen wäre, dass aufgrund der genetischen Ähnlichkeit zum „ursprünglichen SARS-Virus“ das „neue Coronavirus“, wie das „alte SARS-Virus“ auch, nur die Lunge befallen würde und dadurch nicht so leicht von einem Menschen an einen anderen weitergegeben werden könne.

Die Verwendung von Ausdrücken wie:

• „ursprüngliches SARS-Virus“, „neues Coronavirus“, „altes SARS-Virus“ und „neues SARS-Coronavirus“

sollen das Thema verständlicher machen, bewirken allerdings möglicherweise, dass Lesenden Abstammungsverhältnisse suggeriert werden, die so nicht zutreffend oder zumindest nicht nachweisbar sind.

Es kommen in der Pressemitteilung zwar die Zeichenketten „COVID-19“ und „SARS-CoV-2“ vor, aber weder der Ausdruck „SARS-CoV-1“, noch der Ausdruck „SARS-CoV“ (ohne dass an die Zeichenkette das Suffix „-2“ angehängt wäre) lassen sich finden. Auch „Tier“, „Zoonose“ und Ähnliches sucht man vergeblich.

Worum geht es in der Originalarbeit, Wölfel et al., 2020, welche in der Pressemitteilung zitiert wird?

Es gibt zu der Arbeit von Wölfel et al., 2020, mit dem Titel:

• „Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019“ (übersetzt: „Virologische Beurteilung von Krankenhauspatienten mit COVID-2019“)

eine Korrektur mit Angaben:

• zur unkorrigierten (ersten) Version vom 1. April 2020 (online): PMID 32235945;
• zur Korrektur an sich: PMID 33303961 und doi: 10.1038/s41586-020-2984-3;
• zur korrigierten Version als Update vom 11. Dezember 2020: doi: 10.1038/s41586-020-2196-x.

Die Korrektur betrifft lediglich Abbildungsunterschriften, sodass sich die Grundaussage der Arbeit nicht verändert haben dürfte.

In der Originalarbeit geht es, genau wie in der Pressemitteilung zu dieser Arbeit, nicht um die Übertragung vom Tier auf den Menschen. Es geht in erster Linie um die Abhängigkeit des Infektionsverlaufs durch die Befall unterschiedlicher Gewebe, in erster Linie bei COVID-19-Patienten.

Ich habe hier die thematischen Stichpunkte erfasst, die im Abschnitt „Übertragung“ auftauchen (oldid=210919349):

• Tier-zu-Mensch-Übertragung, Mensch-zu-Mensch-Übertragung, SARS-CoV-2 ohne Symptome ansteckend, SARS-CoV-1 fast nur Lunge und kaum Rachen, Kontrollmöglichkeit für SARS-CoV-1, Tröpfcheninfektion, ACE2-Rezeptor,
• Superspreading, Flugzeugbeispiel für Superspreading.

Nicht alles ist gegenwärtig mit Belegen versehen. Bei manchen Sachen habe ich nicht beim ersten Lesen erkannt, ob sie SARS-CoV-1 oder SARS-CoV-2 betreffen sollen.

Ich habe weitere Belege gesucht und den Text etwas anders geordnet, um diese Belege anzubringen:

• Mensch-zu-Mensch-Übertragung, Tröpfcheninfektion, ACE2-Rezeptor, Tier-zu-Mensch-Übertragung, Vergleich{ z. B. SARS-CoV-2 ohne Symptome ansteckend, SARS-CoV-1 fast nur Lunge und kaum Rachen, Kontrollmöglichkeit für SARS-CoV-1 (nur Anmerkung), neuer Stichpunkt: Hypothese zu den beiden Spike-Proteinen }
• Superspreading, Flugzeugbeispiel für Superspreading.

Plan:

• Im Abschnitt „Übertragung“ werden Planungskommentare eingefügt (Status: in Vorbereitung.)
• Zwischen den Planungskommentaren wird vorbereiteter Text ausgetauscht (Status: umgesetzt.)
• Die Plaungskommentare werden wieder entfernt (wäre Status: abgeschlossen.)

| Zum Afang der Beitrags↑ | Zur Überschrift↑ |

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 21:14, 15. Apr. 2021 (CEST)

Umsetzung des Plans

• Vorversion  →  oldid=210919349 (vom 14. April 2021, 10:38:40 MESZ; 2021-04-14T08:38:40 UTC)
• Status: in Vorbereitung  →  oldid=210970868 (vom 15. April 2021, 21:26:23 MESZ; 2021-04-15T19:26:23 UTC)
• Status: umgesetzt  →  oldid=210971027 (vom 15. April 2021, 21:31:18 MESZ; 2021-04-15T19:31:18 UTC)

  Vergleich, "in Vorbereitung"↔"umgesetzt"  →  diff=210971027&oldid=210970868

• Ergebnis  →  oldid=210971147 (vom 15. April 2021, 21:36:06 MESZ; 2021-04-15T19:36:06 UTC)

  Vergleich, Vorversion↔Ergebnis  →  diff=210971147&oldid=210919349

| Zum Plan am Ende des vorausgehenden Beitrags↑ | Zur Überschrift↑ |

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 12:25, 16. Apr. 2021 (CEST)

Quellen-Anpassung, arambaut nach PubMed-ID

Hallo, bisher wird statt einer wissenschaftliche Publikation als Einzelnachweis ein Beitrag in einem Webportal angegeben, von welchem ausgehend auf die eigentliche Veröffentlichung verwiesen wird.

• Beitrag in einem Webportal: https://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398;
• dort Verweis auf die eigentliche Veröffentlichung: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9.

Ziel:

Der gegenwärtige Einzelnachweis soll durch einen direkteren ersetzt werden.

Beschreibung:

Letztlich geht es um eine Veröffentlichung mit dem Titel:

• „The proximal origin of SARS-CoV-2“ in Nature Medicine.

Der zweite Autor der Veröffentlichung (Andrew Rambaut) ist unter dem Login-Namen »arambaut« Moderator der bisher zitierten Webquelle, die bis heute (16.6.'21) mehrere Bearbeitungen erfahren hat (letzte vom 16.4.'20).

Ich plane, den Einzelnachweis namens "arambaut2020" durch einen Einzelnachweis namens "Andersen-etal2020_pmid-32284615" auszutauschen, der die Vorlage:Literatur verwendet. Da der Parameter Datum sich auf ein monatlich erscheinendes gedrucktes Werk bezieht, präsentiert er im konkreten Fall nicht das eigentliche (Online-)Publikationsdatum vom 17. März 2020 („Published: 17 March 2020“), sondern dasjenige der Ausgabe Nr. 4 zum April 2020 („Issue Date: April 2020“). Deshalb habe ich das erste Datum vom 17. März 2020 im Kommentar ergänzt. Das bisher (im Einzelnachweis namens "arambaut2020") angegebene Datum vom 17. Februar 2020 lässt sich nicht mehr ohne Weiteres zuordnen.

Austausch des Einzelnachweises:

• Bisher ― Webportal unter Virology.org; dort Verweis vom moderator »arambaut« auf die eigentliche Publikation: <ref name="arambaut2020">Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry: [http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398 The Proximal Origin of SARS-CoV-2], auf: virologica.org, Quelle: ARTIC Network, 17. Februar 2020</ref>;
• Nachher ― Wissenschaftliche Publikation in Nature Medicine, Andersen et al., 2020: <ref name="Andersen-etal2020_pmid-32284615">{{Literatur |Autor=Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry |Titel=The proximal origin of SARS-CoV-2 |Sammelwerk=Nature Medicine |Band=26 |Nummer=4 |Datum=2020-04 |Sprache=en |ISSN=1546-170X |DOI=10.1038/s41591-020-0820-9 |PMC=7095063 |PMID=32284615 |Seiten=450–452 |Kommentar=Published: 17 March 2020 (online)}}</ref>.

Vorgehensweise:

• Im Artikel SARS-CoV im Abschnitt „Einordnung und Benennung“ werden Planungskommentare eingefügt. Status: in Vorbereitung.
• Entsprechend der Planungskommentare (bzw. der Darstellung hier) werden Text und Quellen angepasst. Status: umgesetzt.
• Nach den Änderungen werden die Planungskommentare entfernt.

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 14:20, 16. Jun. 2021 (CEST)

Umsetzung der Anpassung eines Einzelnachweises:

• Vergleich der Versionen mit Planungskommentaren (in Vorbereitung―umgesetzt): diff=213013036&oldid=213012939
• Vergleich Vorversion―Ergebnis: diff=213013122&oldid=212415718

--Dirk123456 (Diskussion) 15:12, 16. Jun. 2021 (CEST)

Nachträgliche Überschrift (einige Stichwörter: Überträger, Virus, Larvenroller)

Die Behauptung, dass die Übertragung des Virus auf den Larvenroller zurückzuführen ist wurde in diesem Artikel nach dem März 2020 fälschlich eingebracht. Davor stand wortwörtlich in diesem Artikel, das der Larvenroller als Überträger seit 2003 wissenschaftlich diskutiert werde! Es gibt für die nachträgliche Behauptung keine wissenschaftliche Evidenz und deshalb hat weiterhin die Aussage der Diskussion um den Übertragungsweg Bestand. (nicht signierter Beitrag von 80.187.115.222 (Diskussion) 10:23, 14. Jul. 2022)

Wartung der Infobox Virus

Hallo, hier geht es mir um die „Infobox Virus“ und die Schwierigkeiten damit, diese zu warten. Navigation im Beitrag:

•  ↓ Zusammenfassung
•  ↓ Hintergrund für die vielen Bezeichnungen
•  ↓ Keine Unterarten
•  ↓ Aktualität der prinzipiellen Einordnung
•  ↓ Was sind die Viren sonst?
•  ↓ Auswirkungen auf die Wikipedia und die Infoboxen
•  ↓ Die gegenwärtige Infobox Virus im Artikel SARS-CoV
•  ↓ Die Boxabschnitte im Einzelnen
•  ↓ Auswertung der Boxabschnitte
•  ↓ Quellcode der gegenwärtigen Vorlageneinbindung
•  ↓ Plan
•  ↓ Beitragsende

Zusammenfassung

Im April 2021 hatte ich die Vorlageneinbindung zur Vorlage:Infobox Virus aus dem Artikel SARS-CoV herausgenommen, um die Schwierigkeiten mit einer knappen Darstellung zu umgehen, wenn sie gleichzeitig richtig sein soll. In einem „Geschwisterartikel“ – SARS-CoV-2 – gab und gibt es die Infobox Virus aber weiterhin.

Im Februar 2023 wurde eine neue Infobox Virus im Artikel SARS-CoV eingefügt, um Konsistenz zu dem anderen Artikel herzustellen, welcher SARS-CoV-2 lautet. In der „neuen“ Infobox tauchen einige Schwierigkeiten erneut auf, die ich durch Entfernen der „alten“ zu vermeiden suchte.

Im Diskussions-Abschnitt: „SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung“, letzte Bearbeitungsversion am 10. April 2021:

• ...oldid=210771036#SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung,

habe ich das Thema erläutert. Es gibt dort einige Unterpunkte (bspw.  • →Was ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“?;  • →Vermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox), welche von den damaligen Schwierigkeiten mit den Viren und der Infobox handeln, die immer noch auftreten können.

Eine Schwierigkeit betrifft die geringen Unterschiede zwischen den Benennungen der Viren, welche bspw. eine nicht korrekt adressierte Ziffer im Quelltext einer komplexen Vorlageneinbindung kaum auffallen lassen; konkret ist es eine „2“.

Ich habe die gegenwärtige Infobox Virus untersucht und werde sie vorerst an drei Stellen der Vorlageneinbindung bearbeiten, um sie auf den Artikel SARS-CoV abzustimmen.

Am Ende dieses Beitrags denke ich kurz darüber nach, ob man langfristig nicht eine bessere Lösung anstreben sollte.

Hintergrund für die vielen Bezeichnungen

Eigentlich wäre alles ganz einfach: Im Jahr 2002 ist eine schwere Atemwegserkrankung ausgebrochen, die man SARS nannte (in Deutsch: „Schweres akutes Atemwegssyndrom“). Die Krankheit beruht auf einer Virus-Infektion. Das verursachende Virus nannte man meist SARS coronavirus – oder in Deutsch: SARS-Coronavirus.

Im Jahr 2019 ist aber eine neue schwere Infektionskrankheit ausgebrochen, die zu der anderen Krankheit, nämlich SARS, viele Ähnlichkeiten aufweist, während auch beim verursachenden Virus der neuen Krankheit eine enge Verwandtschaft zu dem anderen Virus, dem „SARS-Coronavirus“, festgestellt wurde.

Und spätestens ab da wird es kompliziert. Die neue Krankheit wurde ganz anders bezeichnet, nämlich COVID-19, als die erste, nämlich SARS, während das neue Virus durch ein Akronym so ähnlich bezeichnet wurde, nämlich SARS-CoV-2, wie das zuvor in Erscheinung getretene Virus, welches zu dieser Zeit (Ende 2019/ Anfang 2020) das Akronym SARS-CoV trug.

Die verantwortliche Institution für die Benennung der pandemieverursachenden Krankheiten, die WHO, wollte den Unterschied zwischen den Erkrankungen deutlich herausheben; die verantwortliche Institution für die Benennung der Viren, das ICTV, wollte die enge Verwandtschaft von SARS-CoV und SARS-CoV-2 im Namen berücksichtigen.

In der Zeit (Ende 2019/ Anfang 2020) in welcher zwei ähnliche, pandemieverursachende Viren eingeordnet werden musste, gehörte SARS-CoV bereits zur Virus-Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. In diese Virus-Spezies wurde auch SARS-CoV-2 offiziell eingegliedert.

Dieser lange offizielle Artname: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus lässt sich leider nicht sinnvoll abkürzen, da „SARSr-CoV“ zwar in manchem Kontext üblicherweise verwendet wird, aber nicht offiziell ist und selten die ganze Spezies meint, sondern bestimmte Virusstämme.

Die Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört zur Untergattung Sarbecovirus und diese zur Gattung Betacoronavirus. Da Sarbecovirus bisher nur eine Art enthält, nämlich die bereits genannte mit dem langen Namen, wird gelegentlich lieber die Untergattung (engl. „subgenus“) genannt, nämlich Sarbecovirus, wenn man auch die Art (engl. „species“) nennen könnte (also Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), um diese Gruppe von Viren zu adressieren.

Die meisten Viren, die zur Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus bzw. zur Untergattung Sarbecovirus gehören (die sozusagen zu den „Sarbecoviren“ gehören – sprachlich abgewandelte Wörter sind aber laut ICTV keine offiziellen Namen), lösen keine schweren akuten Atemwegserkrankungen bzw. -syndrome beim Menschen aus; weder SARS noch COVID-19. Die Spezies enthält hunderte von Virusstämmen und Isolaten, wie in der Arbeit zur offiziellen Benennung und Klassifikation von SARS-CoV-2 mitgeteilt wird (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses, Gorbalenya et al., 2020; PMID 32123347); die beiden Viren, SARS-CoV und SARS-CoV-2, sind aber die einzigen in dieser Spezies, die bisher als gefährliche Krankheitserreger für den Menschen in Erscheinung traten.

Eine sinnvolle Einteilung von Viren unterhalb des Taxons „Art“ bzw. Spezies (engl. „species“) ist schwierig.

Keine Unterarten

Die als Namen verwendeten Akronyme SARS-CoV und SARS-CoV-2 erscheinen mehrdeutig. Anfang 2020 kam deshalb die „halboffizielle“ Bezeichnung SARS-CoV-1 dazu (unter SARS-CoV#Einordnung und Benennung dargestellt, seit 9. April 2021 im Artikel – Versionsvergleich: →).

Es war wohl das erste Mal (Publikation 2020; PMID 32123347), dass sich das ICTV mit zwei Viren beschäftigen musste, die zwei verschieden Krankheiten mit Pandemien ausgelöst haben und derselben Art angehören.

Eine Einteilung in Unterarten wurde nicht erwogen. Eine solche Einteilung ist wohl u. a. deshalb nicht sinnvoll, weil dann die Verwandtschaftsverhältnisse mehr berücksichtigt werden müssten, als das für die verursachten Krankheiten der Fall wäre. Man könnte nicht einfach drei Unterarten definieren, „SARS-CoV-1“, „SARS-CoV-2“ und „SARSr-CoVs ohne menschliche Erkrankung“, weil einige „SARSr-CoVs ohne menschliche Erkrankung“ mit „SARS-CoV-1“ enger verwandt wären und andere mit „SARS-CoV-2“.

Würde man die Art in zwei Unterarten spalten, bspw. in „SARS-CoV-1-Ähnliche“ und „SARS-CoV-2-Ähnliche“, wüsste man bei den meisten Stämmen und Isolaten der einzigen Art innerhalb der Untergattung Sarbecovirus gar nicht so genau, in welche Unterart man sie stecken müsste. U. a. aufgrund der Dynamik bei Viren, die nicht nur die monophyletische Abstammung voneinander gestattet, sondern auch Rekombinationen, wäre eine feinere Einteilung als nur bis zur Spezies als kleinstes Taxon unpraktikabel.

Eine Einteilung nach Abstammungslinien, wie sie bspw. durch die Pango-Nomenklatur für SARS-CoV-2-Varianten eingeführt wurde, ist in einer Pandemie vielleicht flexibler als ein hierarchisches System, war jedoch vor SARS-CoV-2 bzw. COVID-19 nicht vorhanden.

Aber wie dem auch sei, die Einteilung nach den Regeln der offiziellen Virentaxonomie kennt keine Unterarten, wie ich bspw. in einem Diskussionsbeitrag im April 2021 dargelegt habe. Im Abschnitt „SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung“ (letzte Bearbeitung am 10. April 2021: →) wurde von mir ein verlinktes Lesezeichen platziert, →Vermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox, unter welchem u. a. folgende übersetzte Aussage zu finden ist:

• „Eine 'species' ist der niedrigste taxonomische Rang in der vom ICTV genehmigten Hierarchie.“

Diese Aussage stammt aus einer Exceldatei, die damals (April 2021) beim ICTV heruntergeladen werden konnte (unter https://ictv.global/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312). Heute ist die gleiche Datei, die damals „VMR 010820 MSL35.xlsx“ hieß, unter dem Namen „VMR_15-010820_MSL35.xlsx“ verfügbar (unter https://ictv.global/vmr, dort als Link zur Website https://ictv.global/filebrowser/download/467).

Aktualität der prinzipiellen Einordnung

Ich habe die aktuellen Angaben zu diesem Thema geprüft.

Auf der gegenwärtigen Website für häufig gestellte Fragen, https://ictv.global/faqs, wird zwar nicht explizit erwähnt, dass unterhalb von „species“ nichts eingeteilt wird; dieser Fakt ergibt sich aber indirekt daraus, dass nur „species“ und höhere Ränge (von „realm“ bis „subgenus“) erwähnt werden.

Auf der Website für die sogenannten „Master Species Lists“, https://ictv.global/msl , ist die aktuellste Version die Exceldatei „ICTV_Master_Species_List_2022_MSL38.v2.xlsx“. Dort steht ähnliches wie in den Vorversionen:

• „Species“– „A Species is the lowest taxonomic rank in the hierarchy approved by the ICTV. While subspecies levels of classification may exist for some viruses (e.g. Hepacivirus hominis - hepatitis C virus), the ICTV does not classify viruses below the species level.”

Auf der Seite für das sogenannte „Virus Metadata Resource“ (VMR), https://ictv.global/vmr, heißt die aktuelle Liste aller Beispielviren „VMR_MSL38_v1.xlsx“.

In der neuen Exceldatei, „VMR_MSL38_v1.xlsx“, steht nahezu das Gleiche, wie ich es in der früheren Exceldatei, „VMR 010820 MSL35.xlsx“ gefunden habe, nur dass ein Satz ergänzt wurde, der darauf hinweist, dass ein „species name“ ein binomiales Format haben sollte:

• „Species“– „A 'species' is the lowest taxonomic rank in the hierarchy approved by the ICTV. The species name should have a binomial format. While subspecies levels of classification may exist for some viruses, the ICTV is not currently responsible for the classification of viruses below the species level.”

Die neue „Virus Metadata Resource“-Datei („VMR_MSL38_v1.xlsx“) nennt die gleichen vier Beispiele wie die alte („VMR 010820 MSL35.xlsx“ bzw. ). Hier ein Ausschnitt aus „VMR_MSL38_v1.xlsx“:

Tabellen-Ausschnitt aus „VMR_MSL38_v1.xlsx“

Exemplar or additional isolate	Virus name(s)	Virus name abbreviation(s)	Virus isolate designation	Virus GENBANK accession	Virus REFSEQ accession
E	severe acute respiratory syndrome coronavirus	SARS-CoV	Tor2	AY274119	NC_004718
A	severe acute respiratory syndrome-related coronavirus	SARSr-CoV	BtKY72	KY352407
A	severe acute respiratory syndrome coronavirus 2	SARS-CoV-2	Wuhan-Hu-1	MN908947	NC_045512
A	SARS coronavirus	SARS-CoV	PC4-227	AY613950

Es handelt sich bei den vier Isolaten:

• um das Referenzisolat für SARS beim Menschen („SARS-CoV Tor2“, AY274119 – dort: /host="Homo sapiens; patient #2 with severe acute respiratory syndrome (SARS)" und /country="Canada: Toronto"),
• um ein Isolat, dass von einer Fledermaus stammt („SARSr-CoV BtKY72“, KY352407 – dort: /host="Rhinolophus sp. (bat)" und, /country="Kenya"),
• um das Referenzisolat für COVID-19 beim Menschen („SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1“, MN908947 – dort: /host="Homo sapiens", /country="China") und
• um ein Isolat, das von einer Schleichkatze stammt („SARS-CoV PC4-227“, AY613950 – dort: /host="palm civet" und /country="China").

Das Referenzisolat für SARS beim Menschen, „SARS-CoV Tor2“, ist mit „E“ („exemplar“) gekennzeichnet, da es als Referenz für die Art dient, nämlich „species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“, während die anderen als zusätzliche Isolate mit „A“ („additional isolate“) gekennzeichnet wurden.

Was sind die Viren sonst?

Was die Viren bezüglich einer Kategorie unterhalb der Art sein könnten, wird in der offiziellen Publikation der Arbeitsgruppe des ICTV für die Coronaviridae, die am 2. März 2020 online veröffentlicht wurde und in der Ausgabe vom April 2020 erschienen ist (PMID 32123347), nicht sehr deutlich beantwortet: SARS-CoV ist dort (also in der Publikation) ein Virus und SARS-CoV-2 ist dort auch ein Virus (engl. „virus“), das zur Spezies (engl. „species“) namens Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört.

Zu dem Thema hatte ich im April 2021 schon mal etwas geschrieben: →Was ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“? (im Diskussionsabschnitt in seiner letzten Bearbeitungsversion am 10. April 2021: ...oldid=210771036#SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung).

Es ist seit April 2021 meiner Kenntnis nach nicht allzu viel dazu gekommen, was eine eindeutige Benennung mit einem geeigneten und einheitlichen Appellativ erleichtern würde. Die Wörter „Stamm“ oder „Abstammungslinie“ eignen sich nur bedingt, da man sowohl bei SARS-CoV als auch bei SARS-CoV-2 jeweils mehrere Stämme hat, die man schwerlich auf einen einzelnen Punkt reduzieren kann. Bei SARS-CoV-2 wurden bspw. die beiden Abstammungslinien SARS-CoV-2-Variante A und SARS-CoV-2-Variante B definiert, aber eben keine „Abstammungslinie SARS-CoV-2“.

Auswirkungen auf die Wikipedia und die Infoboxen

Für ein Nachschlagewerk sind hierarchische Strukturen schön einfach abzubilden, vor allem, wenn sie allgemeiner Natur sind. In der Infobox Virus (Vorlage:Infobox Virus) gibt es die Unterart als Gliederungspunkt (Parameter Subspezies), da es das Taxon Subspezies oder Unterart bei den meisten Gruppen von Lebewesen gibt.

Auf den ersten Blick würde es vielleicht „übersichtlicher“ erscheinen, wenn man die „Unterarten SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2“ einordnen könnte. Es wäre aber nicht richtig, da es nun mal keine Unterarten sind.

Ich habe es mit einem Kompromiss versucht, indem ich im Artikel SARS-CoV eine Anmerkung eingefügt habe, dass die Rubrik Unterart in der Infobox nicht wirklich zutrifft (am 4. März 2021 im Artikel; Vorbereitung und Protokoll: vom 4. bis 6. März 2021, s. Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie), was ich auch im Artikel SARS-CoV-2 so handhabte (am 21. April 2021 im Artikel; Vorbereitung und Protokoll: am 21. April 2021, s. Diskussion:SARS-CoV-2/Archiv/2021/2#SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade).

Aus dem Artikel SARS-CoV habe ich dann die gesamte Infobox entfernt und lediglich die Abbildung aus dieser Infobox an der alten Stelle gelassen, wobei ich bei den entsprechenden Artikel-Bearbeitungen die relevant erscheinenden Informationen aus der Infobox an anderen Stellen im Artikel untergebracht habe (am 9. April 2021). Die Änderungen im Artikel wurden von mir in der Diskussion vorbereitet und protokolliert:

Abschnitt: Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung, erstellt am 9. April 2021; letzte Bearbeitungsversion am 10. April 2021: ...oldid=210771036#SARS-CoV-1, Einordnung und Benennung. Dort einige Sprungziele:

• →Was ist „SARS-CoV-2“ und was ist „SARS-CoV“?;
• →Vermeidung der Unterart durch Vermeidung der Infobox;
• →Umsetzung, Protokoll der Umsetzung im Artikel SARS-CoV.

Dadurch war die merkwürdige Eintragung:

• „Unterart: severe acute respiratory syndrome coronavirus^{[A 1][1][2][3][4]}“

mit der noch merkwürdigeren Anmerkung, dass diese „Unterart“ keine Unterart sei, verschwunden.

Ich hatte mich aber nicht getraut, die Infobox Virus auch aus dem Artikel SARS-CoV-2 herauszunehmen, da es dort vielleicht komplizierter wäre. Daher steht es im Artikel SARS-CoV-2 weiterhin ungefähr so da:

• „Unterart: severe acute respiratory syndrome coronavirus 2^{[A 1]}“

Und unter „Anmerkungen“ steht etwa Folgendes:

• „1.↑ In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“ bzw. „SARS-CoV-2“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. …“

Na ja, auch wenn ich es dort eingetragen habe: Mir gefällt das eigentlich nicht.

Die gegenwärtige Infobox Virus im Artikel SARS-CoV

Nachdem die frühere Infobox Virus am 9. April 2021 von mir entfernt worden war (Versionsvergleich diff=prev&oldid=210749587), wurde am 8. Februar 2023 eine neue Infobox Virus in den Artikel SARS-CoV eingefügt (Versionsvergleich diff=prev&oldid=230668430).

Der Grund dafür ist, dass es im Artikel SARS-CoV-2 eine Infobox Virus gibt und es daher im Artikel SARS-CoV auch eine solche Infobox Virus geben sollte. In der entsprechenden Bearbeitung, oldid=230668430, lautet der Bearbeitungskommentar: „Box (analog SARS-CoV-2)“.

Das ist erst einmal plausibel, hat aber den Nachteil, dass in den drei Artikeln • „Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“, • „SARS-CoV“ und • „SARS-CoV-2“ auch drei Einbindungen der Vorlage:Infobox Virus gepflegt werden müssen, wobei diese Vorlage recht komplex ist.

Da der Wartungsaufwand recht hoch ist, ist die Wartung auch umso fehlerträchtiger, je mehr Boxen gepflegt werden müssen. Hinzu kommt, dass eine Vorlageneinbindung (Hilfe:Vorlagen) beim Bearbeiten unübersichtlicher sein kann als bspw. eine einfache Tabelle. Wenn man bspw. den Schriftzug:

• „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“

irgendwo erkannt hat, wo eigentlich etwas ähnliches, aber ohne die abschließende „2“ stehen müsste, kann man nicht einfach dorthin klicken, wo man die irrtümliche „2“ sieht, sondern muss den Parameter aufsuchen, bei welchem ein Wert eingetragen werden muss.

Ein Parameter – wie er im Quelltext (Wikitext) der Vorlageneinbindung steht – kann anders heißen, als es für die jeweilige Rubrik in der resultieren Infobox – wie sie in der Normalansicht angezeigt wird – der Fall ist.

In der Normalansicht sähe ein Beispiel dann ungefähr so aus:

Unterart:

Severe acute respiratory syndrome coronavirus

aber in einer Quelltext-Ansicht ungefähr so:

| Subspezies = Severe acute respiratory syndrome coronavirus

Es wird sehr unübersichtlich, wenn Referenzen eingetragen werden müssen.

Deshalb habe ich die Infobox Virus zuerst abschnittsweise in der Normalansicht untersucht, um anschließende den Zusammenhang mit dem Quelltext herstellen zu können.

Die Boxabschnitte im Einzelnen

Im Folgenden teile ich die Infobox Virus – wie sie normalerweise für Lesende sichtbar wird – in sechs Segmente, die ich hier als „Boxabschnitte“ bezeichne:

1. Boxabschnitt SARS-CoV (Titel der Box)
2. Boxabschnitt Systematik
3. Boxabschnitt Taxonomische Merkmale
4. Boxabschnitt Wissenschaftlicher Name
5. Boxabschnitt Kurzbezeichnung
6. Boxabschnitt Links

Dazu habe ich die Boxabschnitte als Wikipedia-Tabellen formatiert und einzeln mit der ursprünglichen Ansicht im Artikel SARS-CoV verglichen. Die Tabellen dienen der optischen Kontrolle. Unter jeder Tabelle stehen Kommentare, die mit „Meine Einschätzung“ enden.

Boxabschnitt SARS-CoV (Titel der Box)

SARS-CoV

<Bild>

Elektronenmikroskopische Aufnahme von Virionen des SARS verursachenden Virus SARS-CoV.[3]

„[3]“

• Ist in Ordnung – Nr. 3: „Thomas E Novotny, Emilio Mordini, Ruth Chadwick, J. Martin Pedersen, Fabrizio Fabbri: Bioethical Implications of Globalization: An International Consortium Project of the European Commission. In: PLoS Medicine. Band 3, Nr. 2, 24. Januar 2006, ISSN 1549-1676, S. e43, doi:10.1371/journal.pmed.0030043, PMID 16420098, PMC 1351155 (freier Volltext).“

Meine Einschätzung: In Ordnung.

Boxabschnitt Systematik

Systematik

Klassifikation: Viren Realm: Riboviria Reich: Orthornavirae[2] Phylum: Pisuviricota Klasse: Pisoniviricetes Ordnung: Nidovirales Unterordnung: Cornidovirineae Familie: Coronaviridae<r Unterfamilie: Orthocoronavirinae Gattung: Betacoronavirus Untergattung: Sarbecovirus Art: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus[2] Unterart: Severe acute respiratory syndrome coronavirus

„[2]“

• Ist in Ordnung – Nr. 2: „ICTV: ICTV Taxonomy history: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)"

„Familie: Coronaviridae<r“

• Schreibfehler „<r“

„Unterart: Severe acute respiratory syndrome coronavirus“

• Es gibt keine Unterart „Severe acute respiratory syndrome coronavirus“. Daher müsste zumindest eine Anmerkung erfolgen, dass es sich bei dem Virus mit dem offiziellen Akronym „SARS-CoV“ und laut offizieller Publikation um eine Klade handelt. Da es kein Name eines Taxons ist, wird der erste Buchstabe auch nicht großgeschrieben (nicht „S“), sondern klein („s“). Siehe bspw. Spalte „Virus name(s)“ in der Tabelle oben↑. .

Meine Einschätzung: Korrekturbedarf.

Boxabschnitt Taxonomische Merkmale

Taxonomische Merkmale

Genom: (+)ssRNA linear Baltimore: Gruppe 4 Hülle: vorhanden

Meine Einschätzung: In Ordnung.

Boxabschnitt Wissenschaftlicher Name

Wissenschaftlicher Name

severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

„severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“

• Der wissenschaftliche Name betrifft das andere Virus! Der Schriftzug „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“ ist zwar die lange Form von einem wissenschaftlichen Namen, nämlich demjenigen Virus, welches COVID-19 verursachen kann und zumeist offiziell SARS-CoV-2 genannt wird; der Schriftzug ist aber keinesfalls ein Name von demjenigen Virus, um das es in diesem Artikel geht. Das Virus, welches im Artikel hier beschrieben wird, hat heute die offizielle Bezeichnung SARS-CoV und wird mitunter SARS-CoV-1 genannt, um es von SARS-CoV-2 abzugrenzen. Früher, als die Krankheit SARS auftrat, wurde es zumeist als „SARS coronavirus“ bezeichnet. So etwas wie „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ oder „severe acute respiratory syndrome coronavirus 1“ wurde schon verwendet, kommt aber eher selten vor.

Meine Einschätzung: Hoher Korrekturbedarf

Boxabschnitt Kurzbezeichnung

Kurzbezeichnung

SARS-CoV, SARS-CoV-1

„SARS-CoV, SARS-CoV-1“

• Die Kurzbezeichnung SARS-CoV ist de facto der wissenschaftliche Name desjenigen Virus, welches SARS auslösen kann. SARS-CoV-1 ist ein „halboffizielles“ Alias. Vielleicht wäre eine Anmerkung sinnvoll.

Meine Einschätzung: Grundsätzlich in Ordnung, Ergänzung möglicherweise sinnvoll.

Boxabschnitt Links

Links

NCBI Taxonomy: 2901879 ViralZone (Expasy, SIB): 764 (Gattung) ICTV Taxon History: 202101868 (Spezies)

„NCBI Taxonomy: 2901879“

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2901879
• Häufig zitierter Stamm „SARS coronavirus Tor2“; das NCBI sieht sich aber selbst nicht als Grundlage für offizielle Nomenklatur und Klassifikation („Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information.“)

„ViralZone (Expasy, SIB): 764 (Gattung)

• https://viralzone.expasy.org/764
• Das Virus SARS-CoV-2 (also eben nicht SARS-CoV bzw. SARS-CoV-1) wurde als stellvertretender Stamm für die Gattung „Betacoronavirus“ ausgewählt.

„ICTV Taxon History: 202101868 (Spezies)“

• https://ictv.global/taxonomy/taxondetails?taxnode_id=202101868
• Es stimmt zwar, dass das ICTV die Taxonomie bis zur Art dort angibt, aber SARS-CoV bildet nicht mehr die gesamte Spezies ab, sondern nur noch eine Stammlinie.

Meine Einschätzung: Grundsätzlich in Ordnung; ohne weitere Erläuterung erscheinen die Fakten aber isoliert.

Auswertung der Boxabschnitte

Es gibt drei Stellen, an denen ich Änderungen für wichtig halte, zwei im Boxabschnitt Systematik und eine im Boxabschnitt Taxonomie. Um diese Stellen ausfindig zu machen, wird im Folgenden der Quellcode der Infobox Virus im Artikel dargestellt.

Quellcode der gegenwärtigen Vorlageneinbindung

Die folgende Qellcode-Darstellung der gegenwärtigen Vorlageneinbindung von Infobox Virus wurde mit drei Kommentaren versehen, um die Stellen sichtbar zu machen, an denen Änderungen erfolgen sollten.

• {{Infobox Virus
• | Name = SARS-CoV
• | Bild = SARS CoV.jpg
• | Bild_legende = Elektronenmikroskopische Aufnahme von [[Virion]]en des [[SARS]] verursachenden Virus SARS-CoV.<ref name="Novotny-etal2006-PMID16420098">{{Literatur |Autor=Thomas E Novotny, Emilio Mordini, Ruth Chadwick, J. Martin Pedersen, Fabrizio Fabbri |Titel=Bioethical Implications of Globalization: An International Consortium Project of the European Commission |Sammelwerk=PLoS Medicine |Band=3 |Nummer=2 |Datum=2006-01-24 |ISSN=1549-1676 |Seiten=e43 |DOI=10.1371/journal.pmed.0030043 |PMC=1351155 |PMID=16420098}}</ref>
• |Bild_größe=275px
• | Wiss_Name = severe acute respiratory syndrome coronavirus 2<ref name="CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347" /> Beseitung der Ziffer 2! Referenzen!
• | Wiss_KurzName = SARS-CoV, SARS-CoV-1
• | Realm = [[Riboviria]]
• | Reich = [[Orthornavirae]]<ref name="ICTV_MSL#35">ICTV: [https://talk.ictvonline.org/taxonomy/p/taxonomy-history?taxnode_id=201851868 ICTV Taxonomy history: ''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus''], EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)</ref>
• | Phylum = [[Pisuviricota]]
• | Klasse = [[Pisoniviricetes]]
• | Ordnung = [[Nidovirales]]
• | Subordnung = [[Cornidovirineae]]
• | Familie = [[Coronaviridae]]<r Entfernung des Buchstaben r!
• | Subfamilie = [[Orthocoronavirinae]]
• | Gattung = [[Betacoronavirus]]
• | Subgattung = [[Sarbecovirus]]
• | Spezies = [[Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]]<ref name="ICTV_MSL#35" />
• | Subspezies = Severe acute respiratory syndrome coronavirus<!--NCBI--> Kleinschreibung! Anmerkung!
• | kursiv = nein
• | Genom = [[Polarität (Virologie)|(+)ssRNA]] linear
• | Baltimore = 4
• | Kapsid =
• | Virushülle = vorhanden
• | NCBI_Tax = 2901879
• | NCBI_Ref =
• | ICTV_Tax = 202101868 (Spezies)
• | ICTV =
• | ViralZone = 764 (Gattung)
• }}

Plan

Vorläufig möchte ich erst einmal an drei Stellen in der „neuen“ Vorlageneinbindung der Infobox Virus etwas korrigieren bzw. ändern, wie sie seit Februar 2023 besteht (diff=prev&oldid=230668430, am 8. Feb. 2023). Dazu möchte ich auf Quelltext aus einer „alten“ Vorlageneinbindung zurückgreifen. Die frühere Infobox Virus wurde im März 2021 mit einer Anmerkung versehen (diff=next&oldid=209455000, am 4. März 2021) und lag im Artikel SARS-CoV bis zu ihrer Entfernung im April 2021 vor (diff=prev&oldid=210749587, am 9. April 2021).

Ich werde die Änderungen diesmal nacheinander durchführen, um jede Änderung anschließend separat kontrollieren zu können.

• Einfügen eines Planungskommentars zum Ändern der Infobox Virus im Artikel
• Umsetzen mehrerer Änderungen
• Entfernen der Planungskommentare
• Dokumentation der Änderungen in diesem Diskussionsabschnitt

Beitragsende    Am Ende dieses Beitrags möchte ich anregen, dass wir darüber nachzudenken, ob es nicht eine einfachere Lösung gibt, als in jedem der drei Artikel • „Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“, • „SARS-CoV“ und • „SARS-CoV-2“ eine eigene Einbindung der Vorlage:Infobox Virus zu pflegen. Ich könnte mir vorstellen, dass nur die Infobox Virus im Artikel für die Spezies benötigt wird und bei den beiden Artikeln ein Link auf die Art reichen würde. Das liefe dann darauf hinaus, dass man in beiden Artikeln, SARS-CoV und SARS-CoV-2, auf die Einbindung der Vorlage:Infobox Virus verzichten würde. Ideal wäre das auch nicht, aber weniger fehleranfällig und weniger wartungsintensiv. Es gibt aber vielleicht bessere Möglichkeiten, die ich nicht kenne oder nicht auf dem Schirm habe.

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MfG --Dirk123456 (Diskussion) 16:51, 18. Aug. 2023 (CEST)

Umsetzung des unmittelbaren Plans

Am 18. Aug 2023 habe ich zehn Bearbeitungen im Artikel SARS-CoV durchgeführt, welche meinem „Plan“ (s. ↑#dirk123456.2023-0818.dsk-wrt-ibx.011↑) im ersten Beitrag unter der Überschrift (s. ↑#Wartung der Infobox Virus↑) entsprechen, wodurch ich die wichtigsten unmittelbaren Ziele meiner Meinung nach erreicht habe. Diese Ziele hatte ich im vorausgehenden Beitrag beim „Quellcode der gegenwärtigen Vorlageneinbindung“ (s. ↑#dirk123456.2023-0818.dsk-wrt-ibx.010↑) an drei Stellen markiert.

Die folgende Tabelle enthält elf Bearbeitungsversionen in Folge, sowohl die unmittelbare Vorversion (Nr. 0) als auch die von mir durchgeführten zehn Bearbeitungen (Nr. 1 bis 10):

Folge von Bearbeitungsversionen im Artikel „SARS-CoV“

Nr.	UTC	Bearbeitungsversion	Diff-Link	Benutzer	Kommentar
0	2023-08-15T11:03:58	oldid=236438349	Spezial:Diff/236438349	162.23.30.25	Keine Bearbeitungszusammenfassung
1	2023-08-18T14:57:01	oldid=236528629	Spezial:Diff/236528629	Dirk123456	... Status: Planungskommentare eingefügt.
2	2023-08-18T14:59:24	oldid=236528684	Spezial:Diff/236528684	Dirk123456	... Status: Beseitung der Ziffer 2.
3	2023-08-18T15:01:39	oldid=236528753	Spezial:Diff/236528753	Dirk123456	... Status: Entfernung des Buchstaben r.
4	2023-08-18T15:03:57	oldid=236528804	Spezial:Diff/236528804	Dirk123456	... Status: Kleinschreibung.
5	2023-08-18T15:12:15	oldid=236529001	Spezial:Diff/236529001	Dirk123456	... Status: Anmerkung.
6	2023-08-18T15:25:33	oldid=236529397	Spezial:Diff/236529397	Dirk123456	... Status: Referenzen, 1.
7	2023-08-18T15:32:03	oldid=236529849	Spezial:Diff/236529849	Dirk123456	... Status: Referenzen, 2.
8	2023-08-18T15:46:18	oldid=236530234	Spezial:Diff/236530234	Dirk123456	... Status: Referenzen, 3.
9	2023-08-18T15:52:23	oldid=236530383	Spezial:Diff/236530383	Dirk123456	... Status: Vorerst fertig.
10	2023-08-18T15:55:26	oldid=236530430	Spezial:Diff/236530430	Dirk123456	... Status: Planungskommentare entfernt.

In der Spalte „Kommentar“ habe ich den „Status“ für die jeweilige Bearbeitung angegeben, wie ich ihn auch in den Bearbeitungszusammenfassungen und in den Planungskommentaren im Artikel SARS-CoV eingetragen habe und wie der entsprechende Wortlaut ggf. auch im vorausgehenden Beitrag beim Punkt „Quellcode der gegenwärtigen Vorlageneinbindung“ (s. ↑#dirk123456.2023-0818.dsk-wrt-ibx.010↑) zu finden ist.

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 14:22, 20. Aug. 2023 (CEST)