Die Schweizer Fussballmeisterschaft 2012/13 war die 43. Spielzeit im Fussball der Frauen.
In der Nationalliga A nahmen 10 Mannschaften teil, wobei sich die Meisterschaft in zwei Teile gliederte: eine Qualifikationsrunde (18 Spiele) und eine Finalrunde (8 Vereine, 7 Spiele) bzw. Barrage mit den letzten beiden Vereinen der NLA und den ersten beiden Vereinen der NLB. Die Mannschaften nahmen jeweils die Hälfte der erspielten Punkte aus der Qualifikationsrunde (aufgerundet) in die Finalrunde mit.
Der FC Zürich Frauen konnte seinen Titel aus der Vorsaison erfolgreich verteidigen. Der Aufsteiger FC Thun musste Ende Saison wieder den Gang in die NLB antreten. An dessen Stelle trat ab der Folgesaison der FC Neunkirch in der NLA an.
In der Nationalliga B nahmen ebenfalls 10 Mannschaften teil. Die Meisterschaft gliederte sich in eine Qualifikationsrunde (18 Spiele) und eine Barrage bzw. Abstiegsrunde (8 Vereine, 7 Spiele).
Aus der 1. Liga waren Anfang Saison der FC Rapperswil-Jona, der FC Zollikofen und der FC Therwil aufgestiegen. Während der FC Rapperswil-Jona die Klasse halten konnte, mussten der FC Zollikofen und der FC Therwil zusammen mit dem FC Malters Ende Saison absteigen.
Der Titelverteidiger FC Zürich sicherte sich am 9. Mai 2013 vier Runden vor Schluss den 17. Schweizer Meistertitel. Ende Saison hatten sie alle 25 Partien für sich entscheiden können und wiesen dabei ein Torverhältnis von 145:9 auf, was einer durchschnittlichen Tordifferenz von 5.44 Toren pro Spiel entspricht.