1999 wurde Juschny Profi. Im Jahr 2000 erreichte er in Moskau sein erstes Viertelfinale auf der ATP Tour. Bei seinem ersten Grand-Slam-Turnier, den Australian Open, erreichte er 2001 gleich die dritte Runde. Es folgte das erste ATP-Tour-Halbfinale in Kopenhagen. In Wimbledon unterlag er im Achtelfinale Patrick Rafter. Bei den US Open erreichte er die dritte Runde, in der er gegen Pete Sampras verlor.
2002 sicherte sich Juschny seinen ersten ATP-Titel, zudem führte er Russland in der entscheidenden Partie gegen Frankreich zum ersten Gewinn des Davis Cups. Er wurde, als es nach vier Partien 2:2 unentschieden stand, anstelle des außer Form spielenden Jewgeni Kafelnikow für das entscheidende letzte Einzel nominiert. Obwohl die Partie in Frankreich stattfand, konnte er nach einem 0:2-Satzrückstand Paul-Henri Mathieu noch in fünf Sätzen besiegen. Seine Teamkollegen Kafelnikow und Marat Safin bezeichneten ihn damals als den „neuen Tennisstar Russlands“ und der eigens angereiste ehemalige Präsident Boris Jelzin gratulierte ihm persönlich.
2003 beendete Juschny in den Top 50, das Jahr 2004 in den Top 20.
2006 erreichte er bei den US Open zum ersten Mal das Halbfinale eines Grand-Slam-Turniers. Im Viertelfinale schlug er dabei die Nummer zwei der Welt, Rafael Nadal, in vier Sätzen. Im Halbfinale unterlag er dann Andy Roddick, wiederum in vier Sätzen.
2007 gewann Juschny das Turnier von Rotterdam. Zudem erreichte er bei den Turnieren in Dubai, wo er Roger Federer unterlag, und in München, wo er gegen Philipp Kohlschreiber verlor, jeweils das Endspiel. Bei den French Open zog er ins Achtelfinale ein, in dem er sich erneut Federer geschlagen geben musste. Auch in Wimbledon stand Juschny im Achtelfinale, er unterlag dort Rafael Nadal in fünf Sätzen.
2008 begann er die Saison mit seinem vierten ATP-Turniersieg, als er im Finale von Chennai Nadal mit 6:0, 6:1 besiegen konnte. Bei den darauf folgenden Australian Open kam er erstmals ins Viertelfinale, in dem er dem späteren Überraschungsfinalisten Jo-Wilfried Tsonga unterlag. Juschny erreichte in der Woche darauf mit Rang 8 seine beste Platzierung in der ATP-Weltrangliste.
Im Februar 2010 stieß er in Rotterdam bis ins Finale vor; er musste das Match gegen Robin Söderling allerdings im zweiten Satz wegen körperlicher Probleme aufgeben. Gleich beim nächsten Turnier in Dubai zog er wieder ins Finale ein, verlor dort jedoch nach hartem Kampf mit 5:7, 7:5 und 3:6 gegen Novak Đoković. Bei den BMW Open gewann er dann seinen sechsten Einzeltitel.
Zeichenerklärung: S = Turniersieg; F, HF, VF, AF = Einzug ins Finale, Halb-, Viertel-, Achtelfinale; 1, 2, 3 = Ausscheiden in der 1., 2., 3. Haupt- / Finalrunde; Q1, Q2, Q3 = Ausscheiden in der 1., 2. 3. Qualifikationsrunde; RR = Round Robin (Gruppenphase); nicht ausgetragen oder andere Kategorie; PO (Playoff), P2 = Auf-/Abstiegsrunde zur Weltgruppe I/II im Davis Cup; W2 = Teilnahme in der Weltgruppe II
Zeichenerklärung: S = Turniersieg; F, HF, VF, AF = Einzug ins Finale, Halb-, Viertel-, Achtelfinale; 1, 2, 3 = Ausscheiden in der 1., 2., 3. Haupt- / Finalrunde; Q1, Q2, Q3 = Ausscheiden in der 1., 2. 3. Qualifikationsrunde; RR = Round Robin (Gruppenphase); nicht ausgetragen oder andere Kategorie; PO (Playoff), P2 = Auf-/Abstiegsrunde zur Weltgruppe I/II im Davis Cup; W2 = Teilnahme in der Weltgruppe II
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Russland
Samarqand
Jan Frode Andersen
Eckental
Bangkok
Gō Soeda
Adam Pavlásek
Manila
Marco Chiudinelli
Ningbo
Ho-Chi-Minh-Stadt
John Millman
Guillermo Cañas
Karol Beck
Rotterdam
Ivan Ljubičić
Chennai
Rafael Nadal
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Janko Tipsarević
Kuala Lumpur
Andrei Golubew
Sébastien Grosjean
Dubai (1)
Andy Murray
Robin Söderling
Orlin Stanoitschew
Maks Mirny
Doha
Wesley Moodie
Marcelo Melo
Serhij Stachowskyj
Marcos Baghdatis
Andrei Pavel
Justin Gimelstob